Chromosome Position Reference Mutation Replicate 1 VF Coverage Replicate 2 VF Coverage Replicate 3 VF Coverage
10 43617393 G T 0.0769 325 0.0665 316 0.0541 333
10 89624217 G A 0.0728 261 0.0705 227 0.0498 261
10 89717671 A G 0.0313 352 0.0487 390 0.0275 363
11 108236191 A C 0.1244 217 0.1535 241 0.1392 273
13 28608229 A T 0.1698 212 0.1298 208 0.1216 222
13 28608233 T C 0.099 202 0.0543 184 0.0686 204
13 48941615 C A 0.0702 171 0.1173 162 0.0828 157
19 1207082 A G 0.1206 315 0.0932 322 0.0724 304
19 1207084 G A 0.1711 304 0.1395 301 0.0807 285
19 1220312 G A 0.0766 235 0.0984 254 0.08 250
19 1220315 G A 0.0652 276 0.0532 282 0.0802 324
19 1220316 A G 0.0496 282 0.0439 296 0.0485 330
19 1220317 C A 0.0417 264 0.0373 268 0.0508 295
19 1220321 T C 0.1581 291 0.1845 309 0.2045 352
19 1220519 G A 0.0915 142 0.094 117 0.0984 122
19 1221246 G A 0.0343 437 0.0401 399 0.0531 377
19 1221249 G A 0.0338 414 0.0645 403 0.0565 372
19 1220321 T C 0.1581 291 0.1845 309 0.2045 352
20 36031767 C G 0.1077 808 0.135 889 0.1138 800
22 24134064 C A 0.0343 495 0.0383 470 0.0259 501
4 55141026 C T 0.3435 262 0.3184 223 0.3003 323
7 116339676 C T 0.0376 479 0.0343 525 0.0405 518
7 116417428 C T 0.0749 387 0.0678 398 0.0911 406
7 128845110 A C 0.2491 273 0.1624 271 0.2305 295
7 128845112 C A 0.3519 216 0.2404 208 0.3373 252
9 5073849 A T 0.0411 316 0.0565 354 0.0534 281
Table 5: Representative variant calls of Ion Torrent Intra Run repeatability for low frequency variants.