Chromosome Position Reference Mutation Replicate 1 VF Coverage Replicate 2 VF Coverage Replicate 3 VF Coverage ExamplesofConsistentVariantCalls 1 43815028 C T 0.067 7251 0.0631 6942 0.0635 6941 1 43815081 G A 0.0581 7234 0.0697 6889 0.0879 6915 1 43815108 C T 0.1213 6618 0.1201 6294 0.1196 6080 1 115258766 G T 0.0822 5197 0.0785 4876 0.0848 4835 1 115258746 A C 0.0842 5181 0.073 4863 0.0878 4817 1 115258743 A C 0.1119 5033 0.0974 4756 0.1342 4643 2 212587216 C T 0.0537 8506 0.0515 7779 0.0522 7229 2 209113154 G T 0.0655 6241 0.0622 5881 0.0534 5333 2 212652844 G T 0.1023 2912 0.1226 2602 0.1019 2570 2 212652818 C T 0.1019 2906 0.1222 2602 0.0988 2570 2 212289046 C T 0.118 2804 0.0972 2563 0.115 2460 3 10183826 C T 0.0707 2191 0.0763 2150 0.0974 2105 3 10183832 C T 0.1134 1967 0.1156 1929 0.1046 1855 3 10183835 C T 0.0975 1958 0.0727 1966 0.0785 1872 3 10183859 C T 0.0851 2256 0.0697 2211 0.0814 2187 3 10183867 C T 0.1571 2254 0.1421 2209 0.1318 2192 3 10183884 C T 0.1206 2189 0.0947 2164 0.1046 2131 3 10183893 C T 0.1597 2254 0.1452 2210 0.1318 2193 4 153249445 C T 0.2599 1358 0.2621 1244 0.2826 1175 4 153249463 T A 0.1338 1360 0.1342 1244 0.143 1175 4 153249426 C T 0.0523 1358 0.0603 1244 0.074 1175 5 149453185 C A 0.0606 3351 0.0678 2937 0.0605 2778 5 170837532 C T 0.0931 2203 0.0916 2097 0.0839 1920 5 170837625 C T 0.0729 2208 0.0758 2097 0.0801 1922 5 170837676 C T 0.0622 1398 0.0558 1291 0.0528 1211 17 7578328 C T 0.065 3432 0.0739 3344 0.0734 3147 17 7578380 C T 0.0546 12735 0.057 11829 0.0539 11163 17 7579343 T A 0.0788 1472 0.0675 1526 0.069 1377 17 7579352 C T 0.0944 1472 0.0996 1526 0.0922 1377 17 7579374 C T 0.0703 3430 0.0763 3434 0.0693 3277

Table 6: Representative variant calls of Illumina Inter Run reproducibility for low frequency variants.