Replicate 1 VF Coverage Chromosome Position Reference Mutation Replicate 2 VF Yes=2nd file within the range Replicate 3 VF Yes=3rd file within the range *Yes in Replicates 2 & 3
0.9992 1303 11 108218196 T C         N/A
0.9982 5046 4 55141055 A G         N/A
0.9981 2152 11 108225661 A G         N/A
0.998 7074 4 55946081 A G         N/A
0.9976 1698 13 28610183 A G         N/A
0.9976 1695 17 7579472 G C         N/A
0.9975 5146 2 132181460 T C         N/A
0.9963 8151 17 7578115 T C         N/A
0.9957 5146 2 132181483 G T         N/A
0.9908 1305 4 1807894 G A         N/A
0.9873 10988 5 112175770 G A         N/A
0.7693 4834 10 89720907 T G         N/A
0.6609 4064 7 55249063 G A         N/A
0.535 1641 10 89717672 C T         N/A
0.4695 4714 22 24145675 G C         N/A
0.3613 1323 19 1223125 C T         N/A
0.3569 10051 9 80409345 A G         N/A
0.3494 5046 4 55141026 C T         N/A
0.3268 1285 4 1803652 T G         N/A
0.1 5081 5 112175974 G A 9.43% Y 4.86% Y Y
0.1429 5075 1 43815071 T G 16.99% Y 15.04% Y Y
0.1105 4867 2 29432781 C T 7.66% Y #N/A #N/A #N/A
0.1381 4033 12 121431533 T G 13.64% Y 13.99% Y Y
0.1135 3877 4 55597594 C T #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A
0.1029 3701 22 24176357 C T 14.71% Y #N/A #N/A #N/A
0.13 2946 7 128850423 C T #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A
0.1345 2759 17 7577114 C T #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A
0.1265 2752 2 132181331 C T #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A
0.168 2703 7 128850379 A C 17.63% Y 17.12% Y Y
0.1282 2542 12 112926959 C T #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A
0.1009 2161 20 36031817 A G 11.91% Y 9.00% Y Y
0.1094 2149 20 36031797 A C 11.46% Y 10.62% Y Y
0.1072 2033 11 108204781 C T #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A
0.1218 1995 7 55211154 A T #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A
0.2007 1963 20 36031830 T G 21.28% Y 23.54% Y Y
*N/A=replicate1VF>25%(0.25)
N=oneNandoneY,ortwoNsforthetworeplicates
#N/A=oneor more#N/Awereidentifiedfromthetworeplicates
Table 10: Effect of applying a more stringent filter to the Illumina Intra Run data set.