(a) Probabilities of independent nucleotide occurrences in 833 effective siRNAs
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
A 0.12 0.3 0.318 0.218 0.271 0.294 0.247 0.298 0.271 0.229 0.25 0.283 0.259 0.282 0.27 0.232 0.288 0.313 0.312
G 0.557 0.27 0.229 0.291 0.262 0.239 0.304 0.253 0.224 0.257 0.279 0.247 0.255 0.276 0.242 0.287 0.24 0.239 0.208
C 0.208 0.242 0.208 0.294 0.248 0.208 0.263 0.229 0.244 0.275 0.256 0.234 0.247 0.217 0.202 0.251 0.235 0.178 0.233
T 0.115 0.187 0.245 0.197 0.218 0.259 0.186 0.22 0.261 0.239 0.216 0.235 0.239 0.224 0.286 0.23 0.236 0.27 0.248
(b) Probabilities of dependent nucleotide occurrences – the simple Markov model

 

 1’-2 2’-3 3’-4 4’-5 5’-6 6’-7 7’-8 8’-9 9’-10
A A 0.12 0.16 0.3 0.328 0.318 0.2 0.218 0.247 0.271 0.292 0.294 0.229 0.247 0.282 0.298 0.278 0.271 0.204
G 0.35 0.272 0.336 0.341 0.265 0.363 0.311 0.286 0.323
C 0.28 0.192 0.264 0.22 0.212 0.257 0.214 0.254 0.257
T 0.21 0.208 0.2 0.192 0.23 0.151 0.194 0.181 0.217
G A

0.557

 0.33 0.27 0.364 0.229 0.241 0.291 0.314 0.262 0.394 0.239 0.342 0.304 0.316 0.253 0.313 0.224 0.337
G 0.284 0.169 0.293 0.194 0.206 0.241 0.241 0.218 0.193
C 0.213 0.227 0.251 0.26 0.22 0.246 0.213 0.223 0.203
T 0.172 0.24 0.215 0.231 0.179 0.171 0.229 0.246 0.267
C A

0.208

 0.358 0.242 0.371 0.208 0.277 0.294 0.331 0.248 0.329 0.208 0.295 0.263 0.37 0.229 0.33 0.244 0.261
G 0.116 0.149 0.127 0.171 0.13 0.185 0.137 0.131 0.192
C 0.295 0.198 0.318 0.245 0.203 0.243 0.224 0.199 0.271
T 0.231 0.282 0.277 0.253 0.338 0.277 0.269 0.34 0.276
T A

0.115

 0.198 0.187 0.167 0.245 0.172 0.197 0.146 0.218 0.137 0.259 0.144 0.186 0.187 0.22 0.153 0.261 0.134
G 0.396 0.353 0.368 0.409 0.368 0.389 0.361 0.246 0.304
C 0.25 0.218 0.353 0.268 0.192 0.301 0.284 0.301 0.359
T 0.156 0.263 0.108 0.177 0.302 0.167 0.168 0.301  
10’-11 11’-12 12’-13 13’-14 14’-15 15’-16 16’-17 17’-18 18’-19
0.229 0.267 0.25 0.274 0.283 0.195 0.259 0.245 0.282 0.264 0.27 0.218 0.232 0.249 0.288 0.3 0.313 0.3
0.356 0.284 0.314 0.329 0.306 0.329 0.275 0.288 0.235
0.257 0.25 0.263 0.236 0.179 0.258 0.218 0.154 0.231
0.12 0.192 0.229 0.19 0.251 0.196 0.259 0.254 0.235
0.257 0.271 0.279 0.358 0.247 0.364 0.255 0.373 0.276 0.33 0.242 0.267 0.287 0.285 0.24 0.37 0.239 0.387
0.271 0.263 0.204 0.274 0.226 0.231 0.238 0.2 0.166
0.285 0.19 0.204 0.193 0.165 0.249 0.247 0.185 0.196
0.173 0.19 0.228 0.16 0.278 0.151 0.151 0.245 0.236
0.275 0.306 0.256 0.305 0.234 0.282 0.247 0.325 0.217 0.331 0.202 0.222 0.251 0.421 0.235 0.352 0.178 0.412
0.131 0.155 0.169 0.146 0.16 0.107 0.148 0.133 0.108
0.262 0.239 0.241 0.214 0.204 0.187 0.167 0.204 0.23
0.301 0.3 0.308 0.316 0.304 0.231 0.263 0.306 0.23
0.239 0.146 0.216 0.172 0.235 0.204 0.239 0.181 0.224 0.144 0.286 0.151 0.23 0.188 0.236 0.228 0.27 0.183
0.382 0.294 0.321 0.357 0.262 0.396 0.307 0.325 0.272
0.213 0.267 0.281 0.226 0.273 0.236 0.313 0.173 0.263
0.256 0.267 0.194 0.236 0.321 0.276 0.193 0.274 0.277
(c) Probabilities of independent nucleotide occurrences in 847 ineffective siRNAs
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
A 0.312 0.247 0.211 0.247 0.254 0.231 0.273 0.26 0.235 0.295 0.251 0.243 0.226 0.235 0.203 0.261 0.262 0.182 0.084
G 0.185 0.229 0.256 0.262 0.237 0.259 0.236 0.254 0.286 0.279 0.231 0.257 0.323 0.266 0.293 0.26 0.255 0.301 0.319
C 0.215 0.253 0.296 0.285 0.266 0.321 0.283 0.253 0.298 0.242 0.269 0.256 0.247 0.244 0.289 0.269 0.262 0.319 0.426
T 0.288 0.272 0.236 0.207 0.243 0.189 0.208 0.234 0.182 0.184 0.248 0.243 0.204 0.255 0.215 0.21 0.221 0.198 0.171
Table 3: Probabilities of individual nucleotide occurrences at each position.