Composite Element REF miRNA Corresponding genes MirTarbase MirTarbase  (Supported by strong experimental evidences) miRanda
Found by the integrated model only
p53-r-v hsa-mir-605 TP53     1 1  
n-cadherin-r-v hsa-mir-511-2 CDH2         1
akt-r-v hsa-mir-511-1 AKT1 AKT2 AKT3     1
eef2k-r-v hsa-mir-486 EEF2K         1
p53-r-v hsa-mir-181a-1 TP53         1
smad4-m-c hsa-mir-142 SMAD4         1
c-met-m-c hsa-mir-223 MET         1
caspase-8-m-c hsa-mir-541 CASP8         1
pcna-m-v hsa-mir-223 PCNA         1
n-cadherin-r-v hsa-mir-146a CDH2         1
syk-m-v hsa-mir-369 SYK         1
alpha-catenin-m-v hsa-mir-22 CTNNA1         1
smad3-r-v hsa-mir-142 SMAD3         1
chk1-r-v hsa-mir-605 CHEK1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-181a-2 ESR1         1
aib1-m-v hsa-mir-605 NCOA3         1
rad50-m-c hsa-mir-22 RAD50         1
caspase-8-m-c hsa-mir-483 CASP8         1
syk-m-v hsa-mir-193a SYK         1
jnk2-r-c hsa-mir-511-1 MAPK9         1
p53-r-v hsa-mir-588 TP53         1
dj-1-r-c hsa-mir-145 PARK7         1
akt-r-v hsa-mir-142 AKT1 AKT2 AKT3     1
p27-r-v hsa-mir-205 CDKN1B         1
beta-catenin-r-v hsa-mir-485 CTNNB1         1
c-kit-r-v hsa-mir-21 KIT         1
chk1-r-v hsa-let-7b CHEK1         1
b-raf-m-na hsa-mir-511-1 BRAF         1
stat5-alpha-r-v hsa-mir-1224 STAT5A         1
igf-1r-beta-r-c hsa-let-7b IGF1R         1
pea-15-r-v hsa-mir-541 PEA15         1
beta-catenin-r-v hsa-mir-1228 CTNNB1         1
c-raf-r-v hsa-mir-1295 RAF1          
msh2-m-c hsa-mir-1247 MSH2          
msh2-m-c hsa-mir-199a-1 MSH2          
aib1-m-v hsa-mir-150 NCOA3          
bcl-2-m-v hsa-mir-1307 BCL2          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-511-2 CTNNA1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-511-1 CTNNA1          
aib1-m-v hsa-mir-214 NCOA3          
bcl-2-m-v hsa-mir-652 BCL2          
ar-r-v hsa-mir-224 AR          
k-ras-m-c hsa-mir-150 KRAS          
ciap-r-v hsa-mir-223 BIRC2          
ciap-r-v hsa-mir-140 BIRC2          
ciap-r-v hsa-mir-511-2 BIRC2          
aib1-m-v hsa-mir-1228 NCOA3          
claudin-7-r-v hsa-mir-140 CLDN7          
ar-r-v hsa-mir-1228 AR          
bcl-xl-r-c hsa-mir-1295 BCL2L1          
ar-r-v hsa-mir-511-1 AR          
eef2k-r-v hsa-mir-181a-2 EEF2K          
tau-m-c hsa-mir-142 MAPT          
cdk1-r-v hsa-mir-1247 CDC2          
cdk1-r-v hsa-let-7a-3 CDC2          
cdk1-r-v hsa-let-7a-1 CDC2          
cdk1-r-v hsa-let-7a-2 CDC2          
eef2k-r-v hsa-mir-1908 EEF2K          
p27-r-v hsa-mir-136 CDKN1B          
eef2k-r-v hsa-mir-134 EEF2K          
setd2-r-na hsa-mir-511-2 SETD2          
smad1-r-v hsa-mir-483 SMAD1          
irs1-r-v hsa-mir-511-1 IRS1          
p21-r-c hsa-mir-150 CDKN1A          
ar-r-v hsa-mir-1307 AR          
bcl-2-m-v hsa-mir-1295 BCL2          
n-cadherin-r-v hsa-mir-142 CDH2          
smad4-m-c hsa-mir-1295 SMAD4          
cdk1-r-v hsa-let-7b CDC2          
smad1-r-v hsa-mir-139 SMAD1          
xiap-r-c hsa-mir-140 KDR          
claudin-7-r-v hsa-mir-511-2 CLDN7          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-1228 CTNNA1          
bim-r-v hsa-mir-218-1 BCL2L11          
eef2k-r-v hsa-mir-758 EEF2K          
ar-r-v hsa-mir-452 AR          
ptch-r-c hsa-mir-25 PTCH1          
p27-r-v hsa-mir-758 CDKN1B          
c-kit-r-v hsa-mir-22 KIT          
smad1-r-v hsa-mir-377 SMAD1          
eef2k-r-v hsa-mir-217 EEF2K          
her2-m-v hsa-mir-511-1 ERBB2          
claudin-7-r-v hsa-mir-24-1 CLDN7          
aib1-m-v hsa-mir-139 NCOA3          
chk2-m-c hsa-mir-485 CHEK2          
claudin-7-r-v hsa-mir-758 CLDN7          
ar-r-v hsa-mir-589 AR          
chk2-m-c hsa-mir-140 CHEK2          
pcna-m-v hsa-mir-132 PCNA          
setd2-r-na hsa-mir-511-1 SETD2          
chk2-m-c hsa-mir-223 CHEK2          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-605 CTNNA1          
claudin-7-r-v hsa-mir-431 CLDN7          
irs1-r-v hsa-mir-511-2 IRS1          
eef2k-r-v hsa-mir-519a-2 EEF2K          
yb-1-r-v hsa-mir-150 YBX1          
eef2k-r-v hsa-mir-136 EEF2K          
pcna-m-v hsa-mir-605 PCNA          
pcna-m-v hsa-mir-485 PCNA          
xrcc1-r-c hsa-mir-214 XRCC1          
pcna-m-v hsa-mir-199a-1 PCNA          
eef2k-r-v hsa-mir-432 EEF2K          
smad1-r-v hsa-mir-214 SMAD1          
eef2k-r-v hsa-mir-483 EEF2K          
c-kit-r-v hsa-mir-511-1 KIT          
foxo3a-r-c hsa-mir-142 FOXO3          
bim-r-v hsa-mir-485 BCL2L11          
snail-m-c hsa-mir-155 SNAI2          
er-alpha-r-v hsa-mir-877 ESR1          
stat5-alpha-r-v hsa-mir-605 STAT5A          
claudin-7-r-v hsa-mir-654 CLDN7          
claudin-7-r-v hsa-mir-337 CLDN7          
xrcc1-r-c hsa-mir-1247 XRCC1          
claudin-7-r-v hsa-mir-130b CLDN7          
mre11-r-c hsa-mir-766 MRE11A          
cdk1-r-v hsa-mir-140 CDC2          
bim-r-v hsa-mir-1976 BCL2L11          
gab2-r-v hsa-mir-654 GAB2          
her2-m-v hsa-mir-511-2 ERBB2          
chk2-m-c hsa-mir-24-1 CHEK2          
eef2-r-v hsa-mir-140 EEF2          
ar-r-v hsa-mir-1976 AR          
pr-r-v hsa-mir-31 PGR          
pkc-alpha-m-v hsa-mir-511-2 PRKCA          
mre11-r-c hsa-mir-511-2 MRE11A          
ku80-r-c hsa-mir-217 XRCC5          
ku80-r-c hsa-mir-24-1 XRCC5          
smac-m-v hsa-mir-1249 DIABLO          
claudin-7-r-v hsa-mir-370 CLDN7          
pcna-m-v hsa-mir-511-1 PCNA          
bim-r-v hsa-mir-409 BCL2L11          
eef2k-r-v hsa-mir-455 EEF2K          
53bp1-r-c hsa-mir-1295 TP53BP1          
xbp1-g-c hsa-mir-223 XBP1          
er-alpha-r-v hsa-mir-1276 ESR1          
dj-1-r-c hsa-mir-140 PARK7          
syk-m-v hsa-let-7e SYK          
er-alpha-r-v hsa-mir-1914 ESR1          
er-alpha-r-v hsa-mir-605 ESR1          
smad1-r-v hsa-mir-1247 SMAD1          
claudin-7-r-v hsa-mir-181b-2 CLDN7          
pr-r-v hsa-mir-629 PGR          
rab25-r-c hsa-mir-223 RAB25          
yb-1-r-v hsa-mir-1249 YBX1          
chk2-m-c hsa-mir-1295 CHEK2          
xrcc1-r-c hsa-mir-212 XRCC1          
gab2-r-v hsa-mir-1247 GAB2          
e-cadherin-r-v hsa-mir-1271 CDH1          
src-m-v hsa-mir-142 SRC          
p53-r-v hsa-mir-1908 TP53          
pkc-alpha-m-v hsa-mir-511-1 PRKCA          
notch3-r-c hsa-mir-365-2 NOTCH3          
p27-r-v hsa-mir-487a CDKN1B          
rab25-r-c hsa-mir-511-2 RAB25          
rab25-r-c hsa-mir-212 RAB25          
c-myc-r-c hsa-mir-511-2 MYC          
xiap-r-c hsa-mir-217 KDR          
smad1-r-v hsa-mir-212 SMAD1          
msh6-r-c hsa-mir-1249 MSH6          
ku80-r-c hsa-mir-1249 XRCC5          
smad1-r-v hsa-mir-487a SMAD1          
eef2k-r-v hsa-mir-370 EEF2K          
syk-m-v hsa-mir-411 SYK          
rad50-m-c hsa-mir-1295 RAD50          
eef2k-r-v hsa-mir-181b-2 EEF2K          
caspase-8-m-c hsa-mir-1247 CASP8          
gab2-r-v hsa-mir-337 GAB2          
bim-r-v hsa-mir-511-2 BCL2L11          
eef2k-r-v hsa-mir-522 EEF2K          
bim-r-v hsa-mir-145 BCL2L11          
p27-r-v hsa-mir-181b-1 CDKN1B          
msh6-r-c hsa-let-7a-2 MSH6          
msh6-r-c hsa-let-7a-3 MSH6          
ptch-r-c hsa-mir-223 PTCH1          
notch3-r-c hsa-mir-511-2 NOTCH3          
src-m-v hsa-mir-511-1 SRC          
jnk2-r-c hsa-mir-217 MAPK9          
bak-r-c hsa-mir-511-1 BAK1          
eif4e-r-v hsa-mir-605 EIF4E          
claudin-7-r-v hsa-mir-487b CLDN7          
p53-r-v hsa-mir-139 TP53          
p53-r-v hsa-mir-140 TP53          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1228 IGF1R          
gab2-r-v hsa-mir-134 GAB2          
eef2k-r-v hsa-mir-369 EEF2K          
bcl-2-m-v hsa-mir-210 BCL2          
caveolin-1-r-v hsa-mir-551a CAV1          
paxillin-r-v hsa-mir-511-1 PXN          
yap-r-v hsa-mir-1295 YAP1          
yap-r-v hsa-mir-1228 YAP1          
smad1-r-v hsa-mir-485 SMAD1          
p53-r-v hsa-mir-589 TP53          
xiap-r-c hsa-mir-485 KDR          
e-cadherin-r-v hsa-mir-1306 CDH1          
pr-r-v hsa-mir-1908 PGR          
inpp4b-g-c hsa-mir-223 INPP4B          
smac-m-v hsa-let-7b DIABLO          
syk-m-v hsa-mir-539 SYK          
pcna-m-v hsa-mir-654 PCNA          
smad1-r-v hsa-mir-605 SMAD1          
syk-m-v hsa-mir-605 SYK          
smac-m-v hsa-mir-140 DIABLO          
eef2k-r-v hsa-mir-133a-1 EEF2K          
rab25-r-c hsa-mir-142 RAB25          
claudin-7-r-v hsa-mir-127 CLDN7          
akt-r-v hsa-mir-217 AKT1 AKT2 AKT3      
bak-r-c hsa-mir-511-2 BAK1          
aib1-m-v hsa-mir-1247 NCOA3          
cdk1-r-v hsa-mir-511-1 CDC2          
pea-15-r-v hsa-mir-433 PEA15          
smac-m-v hsa-mir-511-2 DIABLO          
gata3-m-v hsa-mir-99b GATA3          
inpp4b-g-c hsa-mir-150 INPP4B          
53bp1-r-c hsa-mir-589 TP53BP1          
c-kit-r-v hsa-mir-551a KIT          
mre11-r-c hsa-mir-511-1 MRE11A          
igfbp2-r-v hsa-mir-29c IGFBP2          
er-alpha-r-v hsa-mir-494 ESR1          
mek1-r-v hsa-mir-1228 MAP2K1          
erk2-r-na hsa-mir-511-1 MAPK1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-658 IGF1R          
53bp1-r-c hsa-mir-146a TP53BP1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-1908 CTNNA1          
rad50-m-c hsa-mir-511-1 RAD50          
yap-r-v hsa-mir-217 YAP1          
bcl-2-m-v hsa-mir-203 BCL2          
p53-r-v hsa-mir-132 TP53          
caveolin-1-r-v hsa-mir-130b CAV1          
ku80-r-c hsa-mir-605 XRCC5          
syk-m-v hsa-mir-379 SYK          
c-kit-r-v hsa-mir-15b KIT          
gab2-r-v hsa-mir-181a-1 GAB2          
dj-1-r-c hsa-mir-342 PARK7          
bcl-x-r-c hsa-mir-1295 BCL2L1          
pcna-m-v hsa-mir-134 PCNA          
eef2k-r-v hsa-mir-130b EEF2K          
syk-m-v hsa-mir-22 SYK          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-203 IGF1R          
paxillin-r-v hsa-mir-766 PXN          
e-cadherin-r-v hsa-mir-329-1 CDH1          
pcna-m-v hsa-mir-493 PCNA          
smac-m-v hsa-mir-588 DIABLO          
smad1-r-v hsa-mir-455 SMAD1          
rad50-m-c hsa-mir-1247 RAD50          
inpp4b-g-c hsa-mir-766 INPP4B          
p70s6k-r-v hsa-mir-1247 RPS6KB1          
cdk1-r-v hsa-mir-605 CDC2          
smac-m-v hsa-mir-605 DIABLO          
smad1-r-v hsa-mir-1228 SMAD1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-214 CTNNA1          
Found by both the integrated model and the naïve model
notch3-r-c hsa-mir-150 NOTCH3     1 1 1
er-alpha-r-v hsa-mir-18a ESR1     1 1 1
p53-r-v hsa-mir-150 TP53     1 1  
beta-catenin-r-v hsa-mir-214 CTNNB1     1 1  
bim-r-v hsa-mir-181a-1 BCL2L11     1 1  
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-223 IGF1R     1 1  
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-139 IGF1R     1 1  
p27-r-v hsa-mir-181a-1 CDKN1B     1 1  
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-145 IGF1R     1 1  
smad3-r-v hsa-mir-155 SMAD3     1 1  
msh6-r-c hsa-mir-21 MSH6     1 1  
caveolin-1-r-v hsa-mir-7-1 CAV1     1   1
bim-r-v hsa-let-7a-2 BCL2L11     1   1
bim-r-v hsa-let-7a-1 BCL2L11     1   1
bim-r-v hsa-let-7a-3 BCL2L11     1   1
n-cadherin-r-v hsa-mir-150 CDH2         1
yap-r-v hsa-mir-150 YAP1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-766 ESR1         1
ku80-r-c hsa-mir-223 XRCC5         1
beta-catenin-r-v hsa-mir-223 CTNNB1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-493 ESR1         1
claudin-7-r-v hsa-mir-214 CLDN7         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-605 CDH1         1
claudin-7-r-v hsa-mir-1228 CLDN7         1
beta-catenin-r-v hsa-mir-511-1 CTNNB1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-337 ESR1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-299 ESR1         1
bim-r-v hsa-let-7b BCL2L11         1
syk-m-v hsa-mir-409 SYK         1
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-142 IGF1R         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-130b CDH1         1
pcna-m-v hsa-let-7a-2 PCNA         1
beta-catenin-r-v hsa-mir-511-2 CTNNB1         1
syk-m-v hsa-mir-654 SYK         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-493 CDH1         1
eef2k-r-v hsa-mir-605 EEF2K         1
syk-m-v hsa-mir-337 SYK         1
snail-m-c hsa-mir-150 SNAI2         1
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-511-1 IGF1R         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-22 CDH1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-323 ESR1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-411 ESR1         1
bcl-2-m-v hsa-mir-22 BCL2         1
er-alpha-r-v hsa-mir-369 ESR1         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-654 CDH1         1
beta-catenin-r-v hsa-mir-22 CTNNB1         1
n-cadherin-r-v hsa-mir-511-1 CDH2         1
caveolin-1-r-v hsa-mir-200a CAV1         1
chk2-m-c hsa-let-7b CHEK2         1
akt-r-v hsa-mir-223 AKT1 AKT2 AKT3     1
alpha-catenin-m-v hsa-mir-142 CTNNA1         1
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-511-2 IGF1R         1
bim-r-v hsa-mir-1295 BCL2L11         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-1908 CDH1         1
syk-m-v hsa-mir-150 SYK         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-1228 CDH1         1
p70s6k-r-v hsa-mir-511-2 RPS6KB1         1
c-myc-r-c hsa-mir-486 MYC         1
b-raf-m-na hsa-mir-145 BRAF         1
eef2k-r-v hsa-mir-1247 EEF2K         1
igfbp2-r-v hsa-mir-664 IGFBP2         1
p70s6k-r-v hsa-mir-511-1 RPS6KB1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-1910 ESR1         1
eef2k-r-v hsa-mir-487a EEF2K         1
claudin-7-r-v hsa-mir-493 CLDN7         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-511-2 CDH1         1
yap-r-v hsa-mir-142 YAP1         1
akt-r-v hsa-mir-511-2 AKT1 AKT2 AKT3     1
alpha-catenin-m-v hsa-mir-223 CTNNA1         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-218-1 CDH1         1
akt-r-v hsa-mir-766 AKT1 AKT2 AKT3     1
bim-r-v hsa-mir-605 BCL2L11         1
yap-r-v hsa-mir-605 YAP1         1
erk2-r-na hsa-mir-223 MAPK1         1
beta-catenin-r-v hsa-mir-146a CTNNB1         1
caspase-8-m-c hsa-mir-511-2 CASP8         1
syk-m-v hsa-mir-541 SYK         1
er-alpha-r-v hsa-mir-379 ESR1         1
chk2-m-c hsa-let-7a-3 CHEK2         1
chk2-m-c hsa-let-7a-2 CHEK2         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-511-1 CDH1         1
eef2k-r-v hsa-mir-541 EEF2K         1
msh6-r-c hsa-mir-142 MSH6         1
chk2-m-c hsa-let-7a-1 CHEK2         1
e-cadherin-r-v hsa-mir-299 CDH1         1
b-raf-m-na hsa-mir-605 BRAF         1
c-met-m-c hsa-mir-511-2 MET         1
fak-r-c hsa-mir-616 PTK2         1
pkc-alpha-m-v hsa-mir-150 PRKCA         1
bim-r-v hsa-mir-223 BCL2L11         1
syk-m-v hsa-mir-483 SYK         1
msh6-r-c hsa-mir-146a MSH6         1
b-raf-m-na hsa-mir-223 BRAF         1
igfbp2-r-v hsa-mir-29b-1 IGFBP2         1
b-raf-m-na hsa-mir-511-2 BRAF         1
er-alpha-r-v hsa-mir-218-1 ESR1         1
syk-m-v hsa-mir-766 SYK         1
b-raf-m-na hsa-mir-193a BRAF         1
53bp1-r-c hsa-let-7b TP53BP1         1
caveolin-1-r-v hsa-mir-616 CAV1         1
rb-m-v hsa-mir-452 RB1         1
er-alpha-r-v hsa-mir-199a-2 ESR1         1
caveolin-1-r-v hsa-mir-200b CAV1         1
c-met-m-c hsa-mir-511-1 MET         1
jnk2-r-c hsa-mir-223 MAPK9         1
chk1-r-v hsa-mir-511-2 CHEK1         1
syk-m-v hsa-mir-511-2 SYK         1
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-150 IGF1R          
beta-catenin-r-v hsa-mir-150 CTNNB1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-214 CDH1          
53bp1-r-c hsa-mir-150 TP53BP1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-150 CTNNA1          
pr-r-v hsa-mir-150 PGR          
ku80-r-c hsa-mir-150 XRCC5          
claudin-7-r-v hsa-mir-766 CLDN7          
xrcc1-r-c hsa-mir-150 XRCC1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-1247 CDH1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-145 CDH1          
smad4-m-c hsa-mir-150 SMAD4          
igfbp2-r-v hsa-mir-224 IGFBP2          
eef2k-r-v hsa-mir-766 EEF2K          
e-cadherin-r-v hsa-mir-150 CDH1          
notch3-r-c hsa-mir-146a NOTCH3          
er-alpha-r-v hsa-mir-541 ESR1          
smac-m-v hsa-mir-150 DIABLO          
syk-m-v hsa-mir-145 SYK          
er-alpha-r-v hsa-mir-409 ESR1          
irs1-r-v hsa-mir-150 IRS1          
er-alpha-r-v hsa-mir-485 ESR1          
pr-r-v hsa-mir-22 PGR          
e-cadherin-r-v hsa-mir-766 CDH1          
syk-m-v hsa-mir-377 SYK          
claudin-7-r-v hsa-mir-1247 CLDN7          
syk-m-v hsa-mir-214 SYK          
er-alpha-r-v hsa-mir-134 ESR1          
er-alpha-r-v hsa-mir-758 ESR1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-485 CDH1          
b-raf-m-na hsa-mir-150 BRAF          
syk-m-v hsa-mir-485 SYK          
er-alpha-r-v hsa-mir-214 ESR1          
dj-1-r-c hsa-mir-150 PARK7          
rad51-m-c hsa-mir-150 RAD51          
er-alpha-r-v hsa-mir-432 ESR1          
er-alpha-r-v hsa-mir-377 ESR1          
er-alpha-r-v hsa-mir-431 ESR1          
bim-r-v hsa-mir-193a BCL2L11          
gab2-r-v hsa-mir-766 GAB2          
er-alpha-r-v hsa-mir-487a ESR1          
msh6-r-c hsa-mir-1247 MSH6          
syk-m-v hsa-mir-140 SYK          
pcna-m-v hsa-mir-145 PCNA          
er-alpha-r-v hsa-mir-433 ESR1          
notch3-r-c hsa-mir-142 NOTCH3          
syk-m-v hsa-mir-487a SYK          
beta-catenin-r-v hsa-mir-766 CTNNB1          
rad50-m-c hsa-mir-150 RAD50          
pcna-m-v hsa-mir-1295 PCNA          
er-alpha-r-v hsa-mir-382 ESR1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-134 CDH1          
er-alpha-r-v hsa-mir-370 ESR1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-766 CTNNA1          
c-myc-r-c hsa-mir-150 MYC          
e-cadherin-r-v hsa-mir-139 CDH1          
rb-m-v hsa-mir-150 RB1          
bcl-xl-r-c hsa-mir-150 BCL2L1          
er-alpha-r-v hsa-mir-483 ESR1          
msh6-r-c hsa-mir-214 MSH6          
msh6-r-c hsa-mir-1295 MSH6          
syk-m-v hsa-mir-127 SYK          
er-alpha-r-v hsa-mir-539 ESR1          
claudin-7-r-v hsa-mir-605 CLDN7          
her2-m-v hsa-mir-766 ERBB2          
her2-m-v hsa-mir-150 ERBB2          
claudin-7-r-v hsa-mir-485 CLDN7          
claudin-7-r-v hsa-mir-217 CLDN7          
c-myc-r-c hsa-mir-766 MYC          
chk2-m-c hsa-mir-145 CHEK2          
er-alpha-r-v hsa-mir-127 ESR1          
er-alpha-r-v hsa-mir-654 ESR1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-409 CDH1          
syk-m-v hsa-mir-758 SYK          
er-alpha-r-v hsa-mir-136 ESR1          
syk-m-v hsa-mir-132 SYK          
e-cadherin-r-v hsa-mir-199a-1 CDH1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-766 IGF1R          
e-cadherin-r-v hsa-mir-487a CDH1          
bim-r-v hsa-mir-150 BCL2L11          
ku80-r-c hsa-mir-766 XRCC5          
er-alpha-r-v hsa-mir-410 ESR1          
syk-m-v hsa-mir-493 SYK          
e-cadherin-r-v hsa-mir-199a-2 CDH1          
chk2-m-c hsa-mir-150 CHEK2          
er-alpha-r-v hsa-mir-1908 ESR1          
claudin-7-r-v hsa-mir-541 CLDN7          
53bp1-r-c hsa-mir-223 TP53BP1          
claudin-7-r-v hsa-mir-204 CLDN7          
eif4e-r-v hsa-mir-150 EIF4E          
p-cadherin-r-c hsa-mir-150 CDH3          
smad1-r-v hsa-mir-766 SMAD1          
pr-r-v hsa-mir-605 PGR          
xrcc1-r-c hsa-mir-223 XRCC1          
smad1-r-v hsa-mir-145 SMAD1          
igfbp2-r-v hsa-mir-452 IGFBP2          
53bp1-r-c hsa-mir-766 TP53BP1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-589 IGF1R          
tau-m-c hsa-mir-150 MAPT          
igfbp2-r-v hsa-mir-150 IGFBP2          
e-cadherin-r-v hsa-mir-204 CDH1          
cdk1-r-v hsa-mir-150 CDC2          
pr-r-v hsa-mir-223 PGR          
pr-r-v hsa-mir-155 PGR          
syk-m-v hsa-mir-433 SYK          
syk-m-v hsa-mir-299 SYK          
e-cadherin-r-v hsa-mir-377 CDH1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-212 CDH1          
chk1-r-v hsa-mir-150 CHEK1          
b-raf-m-na hsa-mir-1247 BRAF          
claudin-7-r-v hsa-mir-487a CLDN7          
syk-m-v hsa-mir-134 SYK          
e-cadherin-r-v hsa-mir-133a-1 CDH1          
rad50-m-c hsa-mir-223 RAD50          
dvl3-r-v hsa-mir-150 DVL3          
akt-r-v hsa-mir-150 AKT1 AKT2 AKT3      
p27-r-v hsa-mir-1276 CDKN1B          
e-cadherin-r-v hsa-mir-199b CDH1          
er-alpha-r-v hsa-mir-130b ESR1          
n-cadherin-r-v hsa-mir-224 CDH2          
claudin-7-r-v hsa-mir-1908 CLDN7          
e-cadherin-r-v hsa-mir-1295 CDH1          
syk-m-v hsa-mir-1295 SYK          
er-alpha-r-v hsa-mir-496 ESR1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1249 IGF1R          
syk-m-v hsa-mir-432 SYK          
lck-r-v hsa-mir-1269 LCK          
msh6-r-c hsa-mir-605 MSH6          
msh6-r-c hsa-mir-223 MSH6          
53bp1-r-c hsa-mir-1247 TP53BP1          
notch3-r-c hsa-mir-223 NOTCH3          
pr-r-v hsa-mir-142 PGR          
bak-r-c hsa-mir-150 BAK1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-152 CDH1          
syk-m-v hsa-mir-1247 SYK          
dj-1-r-c hsa-mir-766 PARK7          
er-alpha-r-v hsa-mir-487b ESR1          
igfbp2-r-v hsa-mir-146a IGFBP2          
53bp1-r-c hsa-mir-1249 TP53BP1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-146a IGF1R          
chk2-m-c hsa-mir-1247 CHEK2          
msh6-r-c hsa-mir-193a MSH6          
igfbp2-r-v hsa-mir-29a IGFBP2          
53bp1-r-c hsa-mir-511-2 TP53BP1          
eef2k-r-v hsa-mir-485 EEF2K          
53bp1-r-c hsa-mir-142 TP53BP1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-337 CDH1          
xrcc1-r-c hsa-mir-140 XRCC1          
smac-m-v hsa-mir-212 DIABLO          
beta-catenin-r-v hsa-mir-1249 CTNNB1          
er-alpha-r-v hsa-mir-543 ESR1          
xrcc1-r-c hsa-mir-22 XRCC1          
foxo3a-r-c hsa-mir-511-1 FOXO3          
syk-m-v hsa-mir-410 SYK          
msh6-r-c hsa-mir-140 MSH6          
xiap-r-c hsa-mir-150 KDR          
claudin-7-r-v hsa-mir-218-1 CLDN7          
bim-r-v hsa-mir-1249 BCL2L11          
e-cadherin-r-v hsa-mir-181b-2 CDH1          
gab2-r-v hsa-mir-486 GAB2          
her2-m-v hsa-mir-145 ERBB2          
lck-r-v hsa-mir-149 LCK          
her2-m-v hsa-mir-212 ERBB2          
lck-r-v hsa-mir-1910 LCK          
53bp1-r-c hsa-mir-605 TP53BP1          
beta-catenin-r-v hsa-mir-1295 CTNNB1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1247 IGF1R          
paxillin-r-v hsa-mir-223 PXN          
er-alpha-r-v hsa-mir-145 ESR1          
yap-r-v hsa-mir-22 YAP1          
53bp1-r-c hsa-mir-511-1 TP53BP1          
yap-r-v hsa-mir-766 YAP1          
pr-r-v hsa-mir-1228 PGR          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-605 IGF1R          
e-cadherin-r-v hsa-mir-758 CDH1          
ku80-r-c hsa-mir-486 XRCC5          
smac-m-v hsa-mir-1247 DIABLO          
b-raf-m-na hsa-mir-214 BRAF          
her2-m-v hsa-mir-223 ERBB2          
eef2k-r-v hsa-mir-145 EEF2K          
syk-m-v hsa-mir-487b SYK          
syk-m-v hsa-mir-382 SYK          
eef2k-r-v hsa-mir-433 EEF2K          
e-cadherin-r-v hsa-mir-432 CDH1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-382 CDH1          
syk-m-v hsa-mir-431 SYK          
beta-catenin-r-v hsa-mir-142 CTNNB1          
xbp1-g-c hsa-mir-150 XBP1          
er-alpha-r-v hsa-mir-1247 ESR1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-181a-1 CDH1          
rad50-m-c hsa-mir-766 RAD50          
dvl3-r-v hsa-mir-511-2 DVL3          
bim-r-v hsa-mir-766 BCL2L11          
dvl3-r-v hsa-mir-511-1 DVL3          
smad3-r-v hsa-mir-22 SMAD3          
mek1-r-v hsa-mir-149 MAP2K1          
beta-catenin-r-v hsa-mir-224 CTNNB1          
chk2-m-c hsa-mir-214 CHEK2          
smad4-m-c hsa-mir-766 SMAD4          
e-cadherin-r-v hsa-mir-455 CDH1          
notch3-r-c hsa-mir-155 NOTCH3          
cd49b-m-v hsa-mir-150 ITGA2          
er-alpha-r-v hsa-mir-1228 ESR1          
claudin-7-r-v hsa-mir-134 CLDN7          
b-raf-m-na hsa-mir-766 BRAF          
notch3-r-c hsa-mir-452 NOTCH3          
smac-m-v hsa-mir-1295 DIABLO          
bim-r-v hsa-mir-455 BCL2L11          
er-alpha-r-v hsa-mir-99b ESR1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-132 CDH1          
c-myc-r-c hsa-mir-223 MYC          
msh6-r-c hsa-mir-511-1 MSH6          
claudin-7-r-v hsa-mir-483 CLDN7          
er-alpha-r-v hsa-mir-486 ESR1          
xrcc1-r-c hsa-mir-193a XRCC1          
xrcc1-r-c hsa-mir-145 XRCC1          
gab2-r-v hsa-mir-605 GAB2          
claudin-7-r-v hsa-mir-377 CLDN7          
eef2k-r-v hsa-mir-539 EEF2K          
claudin-7-r-v hsa-mir-1295 CLDN7          
er-alpha-r-v hsa-mir-1224 ESR1          
p-cadherin-r-c hsa-mir-24-1 CDH3          
rab25-r-c hsa-mir-766 RAB25          
mek1-r-v hsa-mir-766 MAP2K1          
bim-r-v hsa-mir-214 BCL2L11          
claudin-7-r-v hsa-mir-1306 CLDN7          
eef2-r-v hsa-mir-150 EEF2          
msh6-r-c hsa-mir-511-2 MSH6          
syk-m-v hsa-mir-212 SYK          
syk-m-v hsa-mir-133a-1 SYK          
smad4-m-c hsa-mir-511-1 SMAD4          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-339 IGF1R          
er-alpha-r-v hsa-mir-329-1 ESR1          
chk2-m-c hsa-mir-605 CHEK2          
e-cadherin-r-v hsa-mir-433 CDH1          
smac-m-v hsa-mir-766 DIABLO          
chk2-m-c hsa-mir-766 CHEK2          
xrcc1-r-c hsa-mir-452 XRCC1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-1249 CTNNA1          
pr-r-v hsa-mir-224 PGR          
notch3-r-c hsa-mir-224 NOTCH3          
e-cadherin-r-v hsa-let-7e CDH1          
syk-m-v hsa-mir-199a-1 SYK          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-1247 CTNNA1          
claudin-7-r-v hsa-mir-99b CLDN7          
xiap-r-c hsa-mir-223 KDR          
bim-r-v hsa-mir-486 BCL2L11          
caveolin-1-r-v hsa-mir-425 CAV1          
yap-r-v hsa-mir-511-2 YAP1          
claudin-7-r-v hsa-mir-539 CLDN7          
foxo3a-r-c hsa-mir-22 FOXO3          
dj-1-r-c hsa-mir-511-1 PARK7          
xrcc1-r-c hsa-mir-142 XRCC1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-539 CDH1          
igfbp2-r-v hsa-mir-1249 IGFBP2          
igfbp2-r-v hsa-mir-142 IGFBP2          
smad3-r-v hsa-mir-511-2 SMAD3          
ku80-r-c hsa-mir-511-2 XRCC5          
smad1-r-v hsa-mir-150 SMAD1          
gab2-r-v hsa-mir-181a-2 GAB2          
stat5-alpha-r-v hsa-mir-218-1 STAT5A          
syk-m-v hsa-mir-381 SYK          
eef2k-r-v hsa-mir-150 EEF2K          
xrcc1-r-c hsa-let-7b XRCC1          
foxo3a-r-c hsa-mir-486 FOXO3          
pkc-alpha-m-v hsa-mir-223 PRKCA          
xiap-r-c hsa-mir-1247 KDR          
4e-bp1-r-v hsa-mir-1295 EIF4EBP1          
yap-r-v hsa-mir-511-1 YAP1          
ku80-r-c hsa-mir-1247 XRCC5          
b-raf-m-na hsa-let-7b BRAF          
xrcc1-r-c hsa-mir-146a XRCC1          
notch3-r-c hsa-mir-616 NOTCH3          
caveolin-1-r-v hsa-mir-182 CAV1          
nf2-r-c hsa-mir-511-1 NF2          
ar-r-v hsa-mir-511-2 AR          
claudin-7-r-v hsa-mir-125a CLDN7          
ku80-r-c hsa-mir-511-1 XRCC5          
claudin-7-r-v hsa-mir-1249 CLDN7          
n-cadherin-r-v hsa-mir-588 CDH2          
mek1-r-v hsa-mir-1249 MAP2K1          
yap-r-v hsa-mir-1247 YAP1          
stat5-alpha-r-v hsa-mir-455 STAT5A          
nf2-r-c hsa-mir-511-2 NF2          
xrcc1-r-c hsa-mir-217 XRCC1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-370 CDH1          
vasp-r-c hsa-mir-504 VASP          
e-cadherin-r-v hsa-mir-541 CDH1          
notch3-r-c hsa-mir-22 NOTCH3          
bcl-xl-r-c hsa-mir-140 BCL2L1          
her2-m-v hsa-mir-1247 ERBB2          
gab2-r-v hsa-mir-377 GAB2          
p53-r-v hsa-mir-766 TP53          
er-alpha-r-v hsa-mir-154 ESR1          
rad50-m-c hsa-mir-217 RAD50          
er-alpha-r-v hsa-mir-1295 ESR1          
msh6-r-c hsa-mir-139 MSH6          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-145 CTNNA1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-486 CDH1          
p27-r-v hsa-mir-1254 CDKN1B          
syk-m-v hsa-mir-370 SYK          
pr-r-v hsa-mir-181a-1 PGR          
e-cadherin-r-v hsa-mir-891a CDH1          
er-alpha-r-v hsa-mir-181b-2 ESR1          
dj-1-r-c hsa-mir-1295 PARK7          
igf-1r-beta-r-c hsa-let-7i IGF1R          
smac-m-v hsa-mir-214 DIABLO          
claudin-7-r-v hsa-mir-133a-1 CLDN7          
paxillin-r-v hsa-mir-1249 PXN          
n-cadherin-r-v hsa-mir-140 CDH2          
53bp1-r-c hsa-mir-145 TP53BP1          
p-cadherin-r-c hsa-mir-23b CDH3          
xrcc1-r-c hsa-mir-511-1 XRCC1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1976 IGF1R          
beta-catenin-r-v hsa-mir-212 CTNNB1          
p27-r-v hsa-mir-541 CDKN1B          
er-alpha-r-v hsa-mir-1306 ESR1          
bcl-xl-r-c hsa-mir-145 BCL2L1          
smac-m-v hsa-mir-145 DIABLO          
irs1-r-v hsa-mir-24-1 IRS1          
syk-m-v hsa-mir-199a-2 SYK          
pr-r-v hsa-mir-766 PGR          
pea-15-r-v hsa-mir-511-2 PEA15          
syk-m-v hsa-mir-496 SYK          
bak-r-c hsa-mir-766 BAK1          
beta-catenin-r-v hsa-mir-605 CTNNB1          
e-cadherin-r-v hsa-mir-574 CDH1          
er-alpha-r-v hsa-mir-329-2 ESR1          
foxo3a-r-c hsa-mir-212 FOXO3          
eif4e-r-v hsa-mir-1249 EIF4E          
p27-r-v hsa-mir-99b CDKN1B          
igfbp2-r-v hsa-let-7f-1 IGFBP2          
notch3-r-c hsa-mir-1266 NOTCH3          
pea-15-r-v hsa-mir-511-1 PEA15          
mek1-r-v hsa-mir-296 MAP2K1          
dj-1-r-c hsa-mir-409 PARK7          
caveolin-1-r-v hsa-mir-375 CAV1          
53bp1-r-c hsa-mir-1228 TP53BP1          
53bp1-r-c hsa-mir-24-1 TP53BP1          
ku80-r-c hsa-mir-1228 XRCC5          
er-alpha-r-v hsa-mir-212 ESR1          
beta-catenin-r-v hsa-mir-217 CTNNB1          
bcl-xl-r-c hsa-mir-212 BCL2L1          
her2-m-v hsa-mir-217 ERBB2          
53bp1-r-c hsa-mir-22 TP53BP1          
p27-r-v hsa-mir-1307 CDKN1B          
bcl-2-m-v hsa-mir-511-2 BCL2          
notch3-r-c hsa-let-7i NOTCH3          
igfbp2-r-v hsa-let-7b IGFBP2          
notch3-r-c hsa-mir-511-1 NOTCH3          
er-alpha-r-v hsa-mir-139 ESR1          
lck-r-v hsa-mir-99b LCK          
53bp1-r-c hsa-mir-224 TP53BP1          
gab2-r-v hsa-mir-539 GAB2          
syk-m-v hsa-mir-543 SYK          
pten-r-v hsa-mir-766 PTEN          
pea-15-r-v hsa-mir-1910 PEA15          
xrcc1-r-c hsa-mir-224 XRCC1          
cdk1-r-v hsa-mir-217 CDC2          
caveolin-1-r-v hsa-mir-429 CAV1          
nf2-r-c hsa-mir-150 NF2          
gab2-r-v hsa-mir-455 GAB2          
chk2-m-c hsa-mir-139 CHEK2          
yap-r-v hsa-mir-1249 YAP1          
4e-bp1-r-v hsa-mir-145 EIF4EBP1          
gab2-r-v hsa-mir-541 GAB2          
e-cadherin-r-v hsa-mir-1249 CDH1          
mek1-r-v hsa-mir-504 MAP2K1          
claudin-7-r-v hsa-mir-891a CLDN7          
jnk2-r-c hsa-mir-150 MAPK9          
cdk1-r-v hsa-mir-664 CDC2          
gab2-r-v hsa-mir-1910 GAB2          
caveolin-1-r-v hsa-mir-96 CAV1          
setd2-r-na hsa-mir-223 SETD2          
igfbp2-r-v hsa-mir-223 IGFBP2          
4e-bp1-r-v hsa-mir-605 EIF4EBP1          
msh6-r-c hsa-mir-217 MSH6          
bcl-x-r-c hsa-mir-181a-1 BCL2L1          
b-raf-m-na hsa-mir-1249 BRAF          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-24-1 IGF1R          
e-cadherin-r-v hsa-mir-217 CDH1          
igfbp2-r-v hsa-mir-101-2 IGFBP2          
e-cadherin-r-v hsa-mir-431 CDH1          
n-cadherin-r-v hsa-mir-193a CDH2          
cdk1-r-v hsa-mir-511-2 CDC2          
ku80-r-c hsa-mir-142 XRCC5          
caveolin-1-r-v hsa-mir-210 CAV1          
xrcc1-r-c hsa-mir-766 XRCC1          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-486 IGF1R          
dj-1-r-c hsa-mir-22 PARK7          
caveolin-1-r-v hsa-mir-141 CAV1          
cdk1-r-v hsa-mir-29a CDC2          
e-cadherin-r-v hsa-mir-342 CDH1          
syk-m-v hsa-mir-1228 SYK          
beta-catenin-r-v hsa-mir-133a-1 CTNNB1          
nf2-r-c hsa-mir-129-2 NF2          
msh6-r-c hsa-mir-377 MSH6          
syk-m-v hsa-mir-584 SYK          
her2-m-v hsa-mir-1249 ERBB2          
chk2-m-c hsa-mir-133a-1 CHEK2          
dvl3-r-v hsa-mir-766 DVL3          
p27-r-v hsa-mir-486 CDKN1B          
gab2-r-v hsa-mir-485 GAB2          
xrcc1-r-c hsa-mir-365-2 XRCC1          
smad3-r-v hsa-mir-223 SMAD3          
e-cadherin-r-v hsa-mir-487b CDH1          
notch3-r-c hsa-mir-365-1 NOTCH3          
smac-m-v hsa-mir-1228 DIABLO          
caspase-8-m-c hsa-mir-99b CASP8          
irs1-r-v hsa-mir-223 IRS1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-212 CTNNA1          
gab2-r-v hsa-mir-431 GAB2          
cdk1-r-v hsa-mir-125a CDC2          
jnk2-r-c hsa-mir-140 MAPK9          
c-myc-r-c hsa-mir-217 MYC          
mek1-r-v hsa-mir-24-1 MAP2K1          
vegfr2-r-c hsa-mir-551a KDR          
setd2-r-na hsa-mir-140 SETD2          
rab25-r-c hsa-mir-217 RAB25          
xrcc1-r-c hsa-mir-139 XRCC1          
53bp1-r-c hsa-mir-214 TP53BP1          
lck-r-v hsa-mir-605 LCK          
gab2-r-v hsa-mir-487a GAB2          
er-alpha-r-v hsa-mir-381 ESR1          
ku80-r-c hsa-mir-146a XRCC5          
53bp1-r-c hsa-mir-217 TP53BP1          
smac-m-v hsa-mir-224 DIABLO          
er-alpha-r-v hsa-mir-140 ESR1          
msh6-r-c hsa-mir-574 MSH6          
bcl-x-r-c hsa-mir-212 BCL2L1          
n-cadherin-r-v hsa-mir-522 CDH2          
rad51-m-c hsa-mir-217 RAD51          
4e-bp1-r-v hsa-mir-193a EIF4EBP1          
notch3-r-c hsa-mir-505 NOTCH3          
igf-1r-beta-r-c hsa-mir-212 IGF1R          
foxo3a-r-c hsa-mir-140 FOXO3          
eef2k-r-v hsa-mir-223 EEF2K          
her2-m-v hsa-mir-584 ERBB2          
setd2-r-na hsa-mir-217 SETD2          
p27-r-v hsa-mir-144 CDKN1B          
Found by naïve model only
akt-r-v hsa-mir-146b AKT1 AKT2 AKT3 1    
chk1-r-v hsa-mir-511-1 CHEK1         1
alpha-catenin-m-v hsa-mir-140 CTNNA1         1
vasp-r-c hsa-mir-1276 VASP         1
paxillin-r-v hsa-mir-505 PXN         1
pten-r-v hsa-mir-511-2 PTEN         1
bcl-x-r-c hsa-mir-1276 BCL2L1         1
bim-r-v hsa-mir-132 BCL2L11          
claudin-7-r-v hsa-mir-1258 CLDN7          
aib1-m-v hsa-mir-511-2 NCOA3          
p21-r-c hsa-mir-25 CDKN1A          
aib1-m-v hsa-mir-511-1 NCOA3          
rad50-m-c hsa-mir-132 RAD50          
c-myc-r-c hsa-mir-541 MYC          
tau-m-c hsa-mir-144 MAPT          
ar-r-v hsa-mir-190 AR          
c-raf-r-v hsa-mir-190 RAF1          
alpha-catenin-m-v hsa-mir-217 CTNNA1          
c-myc-r-c hsa-mir-140 MYC          
rad51-m-c hsa-mir-140 RAD51          
er-alpha-r-v hsa-mir-150 ESR1          
lck-r-v hsa-mir-129-2 LCK          
aib1-m-v hsa-mir-190 NCOA3          
her2-m-v hsa-mir-139 ERBB2          
vasp-r-c hsa-mir-184 VASP          
Table 3: A list of miRNA/protein pairs suggested by the naïve model and the integrated model and they were classed into three groups: “Found by the integrated model only”, “Found by both the integrated model and the naïve model” and “Found by the naïve model only”. Pairs found by the integrated model were sorted by ascending order of adjusted p-values from the integrated model and the naïve model, respectively. Pairs found by the naïve model only were sorted by ascending order of adjusted p-values from the naïve model andintegrated model, respectively.In addition, a number “1” will mark under the column for pairs found by MirTarbase, MirTarBase with strong experimental evidences or miRanda, and those pairs will be list on the top of each group after pairs got ordered.