Composite Element REF miRNA Corresponding genes MirTarbase MirTarbase  (Supported by strong experimental evidences) miRanda Found by the integrated model only p53-r-v hsa-mir-605 TP53     1 1   n-cadherin-r-v hsa-mir-511-2 CDH2         1 akt-r-v hsa-mir-511-1 AKT1 AKT2 AKT3     1 eef2k-r-v hsa-mir-486 EEF2K         1 p53-r-v hsa-mir-181a-1 TP53         1 smad4-m-c hsa-mir-142 SMAD4         1 c-met-m-c hsa-mir-223 MET         1 caspase-8-m-c hsa-mir-541 CASP8         1 pcna-m-v hsa-mir-223 PCNA         1 n-cadherin-r-v hsa-mir-146a CDH2         1 syk-m-v hsa-mir-369 SYK         1 alpha-catenin-m-v hsa-mir-22 CTNNA1         1 smad3-r-v hsa-mir-142 SMAD3         1 chk1-r-v hsa-mir-605 CHEK1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-181a-2 ESR1         1 aib1-m-v hsa-mir-605 NCOA3         1 rad50-m-c hsa-mir-22 RAD50         1 caspase-8-m-c hsa-mir-483 CASP8         1 syk-m-v hsa-mir-193a SYK         1 jnk2-r-c hsa-mir-511-1 MAPK9         1 p53-r-v hsa-mir-588 TP53         1 dj-1-r-c hsa-mir-145 PARK7         1 akt-r-v hsa-mir-142 AKT1 AKT2 AKT3     1 p27-r-v hsa-mir-205 CDKN1B         1 beta-catenin-r-v hsa-mir-485 CTNNB1         1 c-kit-r-v hsa-mir-21 KIT         1 chk1-r-v hsa-let-7b CHEK1         1 b-raf-m-na hsa-mir-511-1 BRAF         1 stat5-alpha-r-v hsa-mir-1224 STAT5A         1 igf-1r-beta-r-c hsa-let-7b IGF1R         1 pea-15-r-v hsa-mir-541 PEA15         1 beta-catenin-r-v hsa-mir-1228 CTNNB1         1 c-raf-r-v hsa-mir-1295 RAF1           msh2-m-c hsa-mir-1247 MSH2           msh2-m-c hsa-mir-199a-1 MSH2           aib1-m-v hsa-mir-150 NCOA3           bcl-2-m-v hsa-mir-1307 BCL2           alpha-catenin-m-v hsa-mir-511-2 CTNNA1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-511-1 CTNNA1           aib1-m-v hsa-mir-214 NCOA3           bcl-2-m-v hsa-mir-652 BCL2           ar-r-v hsa-mir-224 AR           k-ras-m-c hsa-mir-150 KRAS           ciap-r-v hsa-mir-223 BIRC2           ciap-r-v hsa-mir-140 BIRC2           ciap-r-v hsa-mir-511-2 BIRC2           aib1-m-v hsa-mir-1228 NCOA3           claudin-7-r-v hsa-mir-140 CLDN7           ar-r-v hsa-mir-1228 AR           bcl-xl-r-c hsa-mir-1295 BCL2L1           ar-r-v hsa-mir-511-1 AR           eef2k-r-v hsa-mir-181a-2 EEF2K           tau-m-c hsa-mir-142 MAPT           cdk1-r-v hsa-mir-1247 CDC2           cdk1-r-v hsa-let-7a-3 CDC2           cdk1-r-v hsa-let-7a-1 CDC2           cdk1-r-v hsa-let-7a-2 CDC2           eef2k-r-v hsa-mir-1908 EEF2K           p27-r-v hsa-mir-136 CDKN1B           eef2k-r-v hsa-mir-134 EEF2K           setd2-r-na hsa-mir-511-2 SETD2           smad1-r-v hsa-mir-483 SMAD1           irs1-r-v hsa-mir-511-1 IRS1           p21-r-c hsa-mir-150 CDKN1A           ar-r-v hsa-mir-1307 AR           bcl-2-m-v hsa-mir-1295 BCL2           n-cadherin-r-v hsa-mir-142 CDH2           smad4-m-c hsa-mir-1295 SMAD4           cdk1-r-v hsa-let-7b CDC2           smad1-r-v hsa-mir-139 SMAD1           xiap-r-c hsa-mir-140 KDR           claudin-7-r-v hsa-mir-511-2 CLDN7           alpha-catenin-m-v hsa-mir-1228 CTNNA1           bim-r-v hsa-mir-218-1 BCL2L11           eef2k-r-v hsa-mir-758 EEF2K           ar-r-v hsa-mir-452 AR           ptch-r-c hsa-mir-25 PTCH1           p27-r-v hsa-mir-758 CDKN1B           c-kit-r-v hsa-mir-22 KIT           smad1-r-v hsa-mir-377 SMAD1           eef2k-r-v hsa-mir-217 EEF2K           her2-m-v hsa-mir-511-1 ERBB2           claudin-7-r-v hsa-mir-24-1 CLDN7           aib1-m-v hsa-mir-139 NCOA3           chk2-m-c hsa-mir-485 CHEK2           claudin-7-r-v hsa-mir-758 CLDN7           ar-r-v hsa-mir-589 AR           chk2-m-c hsa-mir-140 CHEK2           pcna-m-v hsa-mir-132 PCNA           setd2-r-na hsa-mir-511-1 SETD2           chk2-m-c hsa-mir-223 CHEK2           alpha-catenin-m-v hsa-mir-605 CTNNA1           claudin-7-r-v hsa-mir-431 CLDN7           irs1-r-v hsa-mir-511-2 IRS1           eef2k-r-v hsa-mir-519a-2 EEF2K           yb-1-r-v hsa-mir-150 YBX1           eef2k-r-v hsa-mir-136 EEF2K           pcna-m-v hsa-mir-605 PCNA           pcna-m-v hsa-mir-485 PCNA           xrcc1-r-c hsa-mir-214 XRCC1           pcna-m-v hsa-mir-199a-1 PCNA           eef2k-r-v hsa-mir-432 EEF2K           smad1-r-v hsa-mir-214 SMAD1           eef2k-r-v hsa-mir-483 EEF2K           c-kit-r-v hsa-mir-511-1 KIT           foxo3a-r-c hsa-mir-142 FOXO3           bim-r-v hsa-mir-485 BCL2L11           snail-m-c hsa-mir-155 SNAI2           er-alpha-r-v hsa-mir-877 ESR1           stat5-alpha-r-v hsa-mir-605 STAT5A           claudin-7-r-v hsa-mir-654 CLDN7           claudin-7-r-v hsa-mir-337 CLDN7           xrcc1-r-c hsa-mir-1247 XRCC1           claudin-7-r-v hsa-mir-130b CLDN7           mre11-r-c hsa-mir-766 MRE11A           cdk1-r-v hsa-mir-140 CDC2           bim-r-v hsa-mir-1976 BCL2L11           gab2-r-v hsa-mir-654 GAB2           her2-m-v hsa-mir-511-2 ERBB2           chk2-m-c hsa-mir-24-1 CHEK2           eef2-r-v hsa-mir-140 EEF2           ar-r-v hsa-mir-1976 AR           pr-r-v hsa-mir-31 PGR           pkc-alpha-m-v hsa-mir-511-2 PRKCA           mre11-r-c hsa-mir-511-2 MRE11A           ku80-r-c hsa-mir-217 XRCC5           ku80-r-c hsa-mir-24-1 XRCC5           smac-m-v hsa-mir-1249 DIABLO           claudin-7-r-v hsa-mir-370 CLDN7           pcna-m-v hsa-mir-511-1 PCNA           bim-r-v hsa-mir-409 BCL2L11           eef2k-r-v hsa-mir-455 EEF2K           53bp1-r-c hsa-mir-1295 TP53BP1           xbp1-g-c hsa-mir-223 XBP1           er-alpha-r-v hsa-mir-1276 ESR1           dj-1-r-c hsa-mir-140 PARK7           syk-m-v hsa-let-7e SYK           er-alpha-r-v hsa-mir-1914 ESR1           er-alpha-r-v hsa-mir-605 ESR1           smad1-r-v hsa-mir-1247 SMAD1           claudin-7-r-v hsa-mir-181b-2 CLDN7           pr-r-v hsa-mir-629 PGR           rab25-r-c hsa-mir-223 RAB25           yb-1-r-v hsa-mir-1249 YBX1           chk2-m-c hsa-mir-1295 CHEK2           xrcc1-r-c hsa-mir-212 XRCC1           gab2-r-v hsa-mir-1247 GAB2           e-cadherin-r-v hsa-mir-1271 CDH1           src-m-v hsa-mir-142 SRC           p53-r-v hsa-mir-1908 TP53           pkc-alpha-m-v hsa-mir-511-1 PRKCA           notch3-r-c hsa-mir-365-2 NOTCH3           p27-r-v hsa-mir-487a CDKN1B           rab25-r-c hsa-mir-511-2 RAB25           rab25-r-c hsa-mir-212 RAB25           c-myc-r-c hsa-mir-511-2 MYC           xiap-r-c hsa-mir-217 KDR           smad1-r-v hsa-mir-212 SMAD1           msh6-r-c hsa-mir-1249 MSH6           ku80-r-c hsa-mir-1249 XRCC5           smad1-r-v hsa-mir-487a SMAD1           eef2k-r-v hsa-mir-370 EEF2K           syk-m-v hsa-mir-411 SYK           rad50-m-c hsa-mir-1295 RAD50           eef2k-r-v hsa-mir-181b-2 EEF2K           caspase-8-m-c hsa-mir-1247 CASP8           gab2-r-v hsa-mir-337 GAB2           bim-r-v hsa-mir-511-2 BCL2L11           eef2k-r-v hsa-mir-522 EEF2K           bim-r-v hsa-mir-145 BCL2L11           p27-r-v hsa-mir-181b-1 CDKN1B           msh6-r-c hsa-let-7a-2 MSH6           msh6-r-c hsa-let-7a-3 MSH6           ptch-r-c hsa-mir-223 PTCH1           notch3-r-c hsa-mir-511-2 NOTCH3           src-m-v hsa-mir-511-1 SRC           jnk2-r-c hsa-mir-217 MAPK9           bak-r-c hsa-mir-511-1 BAK1           eif4e-r-v hsa-mir-605 EIF4E           claudin-7-r-v hsa-mir-487b CLDN7           p53-r-v hsa-mir-139 TP53           p53-r-v hsa-mir-140 TP53           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1228 IGF1R           gab2-r-v hsa-mir-134 GAB2           eef2k-r-v hsa-mir-369 EEF2K           bcl-2-m-v hsa-mir-210 BCL2           caveolin-1-r-v hsa-mir-551a CAV1           paxillin-r-v hsa-mir-511-1 PXN           yap-r-v hsa-mir-1295 YAP1           yap-r-v hsa-mir-1228 YAP1           smad1-r-v hsa-mir-485 SMAD1           p53-r-v hsa-mir-589 TP53           xiap-r-c hsa-mir-485 KDR           e-cadherin-r-v hsa-mir-1306 CDH1           pr-r-v hsa-mir-1908 PGR           inpp4b-g-c hsa-mir-223 INPP4B           smac-m-v hsa-let-7b DIABLO           syk-m-v hsa-mir-539 SYK           pcna-m-v hsa-mir-654 PCNA           smad1-r-v hsa-mir-605 SMAD1           syk-m-v hsa-mir-605 SYK           smac-m-v hsa-mir-140 DIABLO           eef2k-r-v hsa-mir-133a-1 EEF2K           rab25-r-c hsa-mir-142 RAB25           claudin-7-r-v hsa-mir-127 CLDN7           akt-r-v hsa-mir-217 AKT1 AKT2 AKT3       bak-r-c hsa-mir-511-2 BAK1           aib1-m-v hsa-mir-1247 NCOA3           cdk1-r-v hsa-mir-511-1 CDC2           pea-15-r-v hsa-mir-433 PEA15           smac-m-v hsa-mir-511-2 DIABLO           gata3-m-v hsa-mir-99b GATA3           inpp4b-g-c hsa-mir-150 INPP4B           53bp1-r-c hsa-mir-589 TP53BP1           c-kit-r-v hsa-mir-551a KIT           mre11-r-c hsa-mir-511-1 MRE11A           igfbp2-r-v hsa-mir-29c IGFBP2           er-alpha-r-v hsa-mir-494 ESR1           mek1-r-v hsa-mir-1228 MAP2K1           erk2-r-na hsa-mir-511-1 MAPK1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-658 IGF1R           53bp1-r-c hsa-mir-146a TP53BP1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-1908 CTNNA1           rad50-m-c hsa-mir-511-1 RAD50           yap-r-v hsa-mir-217 YAP1           bcl-2-m-v hsa-mir-203 BCL2           p53-r-v hsa-mir-132 TP53           caveolin-1-r-v hsa-mir-130b CAV1           ku80-r-c hsa-mir-605 XRCC5           syk-m-v hsa-mir-379 SYK           c-kit-r-v hsa-mir-15b KIT           gab2-r-v hsa-mir-181a-1 GAB2           dj-1-r-c hsa-mir-342 PARK7           bcl-x-r-c hsa-mir-1295 BCL2L1           pcna-m-v hsa-mir-134 PCNA           eef2k-r-v hsa-mir-130b EEF2K           syk-m-v hsa-mir-22 SYK           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-203 IGF1R           paxillin-r-v hsa-mir-766 PXN           e-cadherin-r-v hsa-mir-329-1 CDH1           pcna-m-v hsa-mir-493 PCNA           smac-m-v hsa-mir-588 DIABLO           smad1-r-v hsa-mir-455 SMAD1           rad50-m-c hsa-mir-1247 RAD50           inpp4b-g-c hsa-mir-766 INPP4B           p70s6k-r-v hsa-mir-1247 RPS6KB1           cdk1-r-v hsa-mir-605 CDC2           smac-m-v hsa-mir-605 DIABLO           smad1-r-v hsa-mir-1228 SMAD1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-214 CTNNA1           Found by both the integrated model and the naïve model notch3-r-c hsa-mir-150 NOTCH3     1 1 1 er-alpha-r-v hsa-mir-18a ESR1     1 1 1 p53-r-v hsa-mir-150 TP53     1 1   beta-catenin-r-v hsa-mir-214 CTNNB1     1 1   bim-r-v hsa-mir-181a-1 BCL2L11     1 1   igf-1r-beta-r-c hsa-mir-223 IGF1R     1 1   igf-1r-beta-r-c hsa-mir-139 IGF1R     1 1   p27-r-v hsa-mir-181a-1 CDKN1B     1 1   igf-1r-beta-r-c hsa-mir-145 IGF1R     1 1   smad3-r-v hsa-mir-155 SMAD3     1 1   msh6-r-c hsa-mir-21 MSH6     1 1   caveolin-1-r-v hsa-mir-7-1 CAV1     1   1 bim-r-v hsa-let-7a-2 BCL2L11     1   1 bim-r-v hsa-let-7a-1 BCL2L11     1   1 bim-r-v hsa-let-7a-3 BCL2L11     1   1 n-cadherin-r-v hsa-mir-150 CDH2         1 yap-r-v hsa-mir-150 YAP1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-766 ESR1         1 ku80-r-c hsa-mir-223 XRCC5         1 beta-catenin-r-v hsa-mir-223 CTNNB1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-493 ESR1         1 claudin-7-r-v hsa-mir-214 CLDN7         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-605 CDH1         1 claudin-7-r-v hsa-mir-1228 CLDN7         1 beta-catenin-r-v hsa-mir-511-1 CTNNB1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-337 ESR1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-299 ESR1         1 bim-r-v hsa-let-7b BCL2L11         1 syk-m-v hsa-mir-409 SYK         1 igf-1r-beta-r-c hsa-mir-142 IGF1R         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-130b CDH1         1 pcna-m-v hsa-let-7a-2 PCNA         1 beta-catenin-r-v hsa-mir-511-2 CTNNB1         1 syk-m-v hsa-mir-654 SYK         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-493 CDH1         1 eef2k-r-v hsa-mir-605 EEF2K         1 syk-m-v hsa-mir-337 SYK         1 snail-m-c hsa-mir-150 SNAI2         1 igf-1r-beta-r-c hsa-mir-511-1 IGF1R         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-22 CDH1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-323 ESR1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-411 ESR1         1 bcl-2-m-v hsa-mir-22 BCL2         1 er-alpha-r-v hsa-mir-369 ESR1         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-654 CDH1         1 beta-catenin-r-v hsa-mir-22 CTNNB1         1 n-cadherin-r-v hsa-mir-511-1 CDH2         1 caveolin-1-r-v hsa-mir-200a CAV1         1 chk2-m-c hsa-let-7b CHEK2         1 akt-r-v hsa-mir-223 AKT1 AKT2 AKT3     1 alpha-catenin-m-v hsa-mir-142 CTNNA1         1 igf-1r-beta-r-c hsa-mir-511-2 IGF1R         1 bim-r-v hsa-mir-1295 BCL2L11         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-1908 CDH1         1 syk-m-v hsa-mir-150 SYK         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-1228 CDH1         1 p70s6k-r-v hsa-mir-511-2 RPS6KB1         1 c-myc-r-c hsa-mir-486 MYC         1 b-raf-m-na hsa-mir-145 BRAF         1 eef2k-r-v hsa-mir-1247 EEF2K         1 igfbp2-r-v hsa-mir-664 IGFBP2         1 p70s6k-r-v hsa-mir-511-1 RPS6KB1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-1910 ESR1         1 eef2k-r-v hsa-mir-487a EEF2K         1 claudin-7-r-v hsa-mir-493 CLDN7         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-511-2 CDH1         1 yap-r-v hsa-mir-142 YAP1         1 akt-r-v hsa-mir-511-2 AKT1 AKT2 AKT3     1 alpha-catenin-m-v hsa-mir-223 CTNNA1         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-218-1 CDH1         1 akt-r-v hsa-mir-766 AKT1 AKT2 AKT3     1 bim-r-v hsa-mir-605 BCL2L11         1 yap-r-v hsa-mir-605 YAP1         1 erk2-r-na hsa-mir-223 MAPK1         1 beta-catenin-r-v hsa-mir-146a CTNNB1         1 caspase-8-m-c hsa-mir-511-2 CASP8         1 syk-m-v hsa-mir-541 SYK         1 er-alpha-r-v hsa-mir-379 ESR1         1 chk2-m-c hsa-let-7a-3 CHEK2         1 chk2-m-c hsa-let-7a-2 CHEK2         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-511-1 CDH1         1 eef2k-r-v hsa-mir-541 EEF2K         1 msh6-r-c hsa-mir-142 MSH6         1 chk2-m-c hsa-let-7a-1 CHEK2         1 e-cadherin-r-v hsa-mir-299 CDH1         1 b-raf-m-na hsa-mir-605 BRAF         1 c-met-m-c hsa-mir-511-2 MET         1 fak-r-c hsa-mir-616 PTK2         1 pkc-alpha-m-v hsa-mir-150 PRKCA         1 bim-r-v hsa-mir-223 BCL2L11         1 syk-m-v hsa-mir-483 SYK         1 msh6-r-c hsa-mir-146a MSH6         1 b-raf-m-na hsa-mir-223 BRAF         1 igfbp2-r-v hsa-mir-29b-1 IGFBP2         1 b-raf-m-na hsa-mir-511-2 BRAF         1 er-alpha-r-v hsa-mir-218-1 ESR1         1 syk-m-v hsa-mir-766 SYK         1 b-raf-m-na hsa-mir-193a BRAF         1 53bp1-r-c hsa-let-7b TP53BP1         1 caveolin-1-r-v hsa-mir-616 CAV1         1 rb-m-v hsa-mir-452 RB1         1 er-alpha-r-v hsa-mir-199a-2 ESR1         1 caveolin-1-r-v hsa-mir-200b CAV1         1 c-met-m-c hsa-mir-511-1 MET         1 jnk2-r-c hsa-mir-223 MAPK9         1 chk1-r-v hsa-mir-511-2 CHEK1         1 syk-m-v hsa-mir-511-2 SYK         1 igf-1r-beta-r-c hsa-mir-150 IGF1R           beta-catenin-r-v hsa-mir-150 CTNNB1           e-cadherin-r-v hsa-mir-214 CDH1           53bp1-r-c hsa-mir-150 TP53BP1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-150 CTNNA1           pr-r-v hsa-mir-150 PGR           ku80-r-c hsa-mir-150 XRCC5           claudin-7-r-v hsa-mir-766 CLDN7           xrcc1-r-c hsa-mir-150 XRCC1           e-cadherin-r-v hsa-mir-1247 CDH1           e-cadherin-r-v hsa-mir-145 CDH1           smad4-m-c hsa-mir-150 SMAD4           igfbp2-r-v hsa-mir-224 IGFBP2           eef2k-r-v hsa-mir-766 EEF2K           e-cadherin-r-v hsa-mir-150 CDH1           notch3-r-c hsa-mir-146a NOTCH3           er-alpha-r-v hsa-mir-541 ESR1           smac-m-v hsa-mir-150 DIABLO           syk-m-v hsa-mir-145 SYK           er-alpha-r-v hsa-mir-409 ESR1           irs1-r-v hsa-mir-150 IRS1           er-alpha-r-v hsa-mir-485 ESR1           pr-r-v hsa-mir-22 PGR           e-cadherin-r-v hsa-mir-766 CDH1           syk-m-v hsa-mir-377 SYK           claudin-7-r-v hsa-mir-1247 CLDN7           syk-m-v hsa-mir-214 SYK           er-alpha-r-v hsa-mir-134 ESR1           er-alpha-r-v hsa-mir-758 ESR1           e-cadherin-r-v hsa-mir-485 CDH1           b-raf-m-na hsa-mir-150 BRAF           syk-m-v hsa-mir-485 SYK           er-alpha-r-v hsa-mir-214 ESR1           dj-1-r-c hsa-mir-150 PARK7           rad51-m-c hsa-mir-150 RAD51           er-alpha-r-v hsa-mir-432 ESR1           er-alpha-r-v hsa-mir-377 ESR1           er-alpha-r-v hsa-mir-431 ESR1           bim-r-v hsa-mir-193a BCL2L11           gab2-r-v hsa-mir-766 GAB2           er-alpha-r-v hsa-mir-487a ESR1           msh6-r-c hsa-mir-1247 MSH6           syk-m-v hsa-mir-140 SYK           pcna-m-v hsa-mir-145 PCNA           er-alpha-r-v hsa-mir-433 ESR1           notch3-r-c hsa-mir-142 NOTCH3           syk-m-v hsa-mir-487a SYK           beta-catenin-r-v hsa-mir-766 CTNNB1           rad50-m-c hsa-mir-150 RAD50           pcna-m-v hsa-mir-1295 PCNA           er-alpha-r-v hsa-mir-382 ESR1           e-cadherin-r-v hsa-mir-134 CDH1           er-alpha-r-v hsa-mir-370 ESR1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-766 CTNNA1           c-myc-r-c hsa-mir-150 MYC           e-cadherin-r-v hsa-mir-139 CDH1           rb-m-v hsa-mir-150 RB1           bcl-xl-r-c hsa-mir-150 BCL2L1           er-alpha-r-v hsa-mir-483 ESR1           msh6-r-c hsa-mir-214 MSH6           msh6-r-c hsa-mir-1295 MSH6           syk-m-v hsa-mir-127 SYK           er-alpha-r-v hsa-mir-539 ESR1           claudin-7-r-v hsa-mir-605 CLDN7           her2-m-v hsa-mir-766 ERBB2           her2-m-v hsa-mir-150 ERBB2           claudin-7-r-v hsa-mir-485 CLDN7           claudin-7-r-v hsa-mir-217 CLDN7           c-myc-r-c hsa-mir-766 MYC           chk2-m-c hsa-mir-145 CHEK2           er-alpha-r-v hsa-mir-127 ESR1           er-alpha-r-v hsa-mir-654 ESR1           e-cadherin-r-v hsa-mir-409 CDH1           syk-m-v hsa-mir-758 SYK           er-alpha-r-v hsa-mir-136 ESR1           syk-m-v hsa-mir-132 SYK           e-cadherin-r-v hsa-mir-199a-1 CDH1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-766 IGF1R           e-cadherin-r-v hsa-mir-487a CDH1           bim-r-v hsa-mir-150 BCL2L11           ku80-r-c hsa-mir-766 XRCC5           er-alpha-r-v hsa-mir-410 ESR1           syk-m-v hsa-mir-493 SYK           e-cadherin-r-v hsa-mir-199a-2 CDH1           chk2-m-c hsa-mir-150 CHEK2           er-alpha-r-v hsa-mir-1908 ESR1           claudin-7-r-v hsa-mir-541 CLDN7           53bp1-r-c hsa-mir-223 TP53BP1           claudin-7-r-v hsa-mir-204 CLDN7           eif4e-r-v hsa-mir-150 EIF4E           p-cadherin-r-c hsa-mir-150 CDH3           smad1-r-v hsa-mir-766 SMAD1           pr-r-v hsa-mir-605 PGR           xrcc1-r-c hsa-mir-223 XRCC1           smad1-r-v hsa-mir-145 SMAD1           igfbp2-r-v hsa-mir-452 IGFBP2           53bp1-r-c hsa-mir-766 TP53BP1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-589 IGF1R           tau-m-c hsa-mir-150 MAPT           igfbp2-r-v hsa-mir-150 IGFBP2           e-cadherin-r-v hsa-mir-204 CDH1           cdk1-r-v hsa-mir-150 CDC2           pr-r-v hsa-mir-223 PGR           pr-r-v hsa-mir-155 PGR           syk-m-v hsa-mir-433 SYK           syk-m-v hsa-mir-299 SYK           e-cadherin-r-v hsa-mir-377 CDH1           e-cadherin-r-v hsa-mir-212 CDH1           chk1-r-v hsa-mir-150 CHEK1           b-raf-m-na hsa-mir-1247 BRAF           claudin-7-r-v hsa-mir-487a CLDN7           syk-m-v hsa-mir-134 SYK           e-cadherin-r-v hsa-mir-133a-1 CDH1           rad50-m-c hsa-mir-223 RAD50           dvl3-r-v hsa-mir-150 DVL3           akt-r-v hsa-mir-150 AKT1 AKT2 AKT3       p27-r-v hsa-mir-1276 CDKN1B           e-cadherin-r-v hsa-mir-199b CDH1           er-alpha-r-v hsa-mir-130b ESR1           n-cadherin-r-v hsa-mir-224 CDH2           claudin-7-r-v hsa-mir-1908 CLDN7           e-cadherin-r-v hsa-mir-1295 CDH1           syk-m-v hsa-mir-1295 SYK           er-alpha-r-v hsa-mir-496 ESR1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1249 IGF1R           syk-m-v hsa-mir-432 SYK           lck-r-v hsa-mir-1269 LCK           msh6-r-c hsa-mir-605 MSH6           msh6-r-c hsa-mir-223 MSH6           53bp1-r-c hsa-mir-1247 TP53BP1           notch3-r-c hsa-mir-223 NOTCH3           pr-r-v hsa-mir-142 PGR           bak-r-c hsa-mir-150 BAK1           e-cadherin-r-v hsa-mir-152 CDH1           syk-m-v hsa-mir-1247 SYK           dj-1-r-c hsa-mir-766 PARK7           er-alpha-r-v hsa-mir-487b ESR1           igfbp2-r-v hsa-mir-146a IGFBP2           53bp1-r-c hsa-mir-1249 TP53BP1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-146a IGF1R           chk2-m-c hsa-mir-1247 CHEK2           msh6-r-c hsa-mir-193a MSH6           igfbp2-r-v hsa-mir-29a IGFBP2           53bp1-r-c hsa-mir-511-2 TP53BP1           eef2k-r-v hsa-mir-485 EEF2K           53bp1-r-c hsa-mir-142 TP53BP1           e-cadherin-r-v hsa-mir-337 CDH1           xrcc1-r-c hsa-mir-140 XRCC1           smac-m-v hsa-mir-212 DIABLO           beta-catenin-r-v hsa-mir-1249 CTNNB1           er-alpha-r-v hsa-mir-543 ESR1           xrcc1-r-c hsa-mir-22 XRCC1           foxo3a-r-c hsa-mir-511-1 FOXO3           syk-m-v hsa-mir-410 SYK           msh6-r-c hsa-mir-140 MSH6           xiap-r-c hsa-mir-150 KDR           claudin-7-r-v hsa-mir-218-1 CLDN7           bim-r-v hsa-mir-1249 BCL2L11           e-cadherin-r-v hsa-mir-181b-2 CDH1           gab2-r-v hsa-mir-486 GAB2           her2-m-v hsa-mir-145 ERBB2           lck-r-v hsa-mir-149 LCK           her2-m-v hsa-mir-212 ERBB2           lck-r-v hsa-mir-1910 LCK           53bp1-r-c hsa-mir-605 TP53BP1           beta-catenin-r-v hsa-mir-1295 CTNNB1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1247 IGF1R           paxillin-r-v hsa-mir-223 PXN           er-alpha-r-v hsa-mir-145 ESR1           yap-r-v hsa-mir-22 YAP1           53bp1-r-c hsa-mir-511-1 TP53BP1           yap-r-v hsa-mir-766 YAP1           pr-r-v hsa-mir-1228 PGR           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-605 IGF1R           e-cadherin-r-v hsa-mir-758 CDH1           ku80-r-c hsa-mir-486 XRCC5           smac-m-v hsa-mir-1247 DIABLO           b-raf-m-na hsa-mir-214 BRAF           her2-m-v hsa-mir-223 ERBB2           eef2k-r-v hsa-mir-145 EEF2K           syk-m-v hsa-mir-487b SYK           syk-m-v hsa-mir-382 SYK           eef2k-r-v hsa-mir-433 EEF2K           e-cadherin-r-v hsa-mir-432 CDH1           e-cadherin-r-v hsa-mir-382 CDH1           syk-m-v hsa-mir-431 SYK           beta-catenin-r-v hsa-mir-142 CTNNB1           xbp1-g-c hsa-mir-150 XBP1           er-alpha-r-v hsa-mir-1247 ESR1           e-cadherin-r-v hsa-mir-181a-1 CDH1           rad50-m-c hsa-mir-766 RAD50           dvl3-r-v hsa-mir-511-2 DVL3           bim-r-v hsa-mir-766 BCL2L11           dvl3-r-v hsa-mir-511-1 DVL3           smad3-r-v hsa-mir-22 SMAD3           mek1-r-v hsa-mir-149 MAP2K1           beta-catenin-r-v hsa-mir-224 CTNNB1           chk2-m-c hsa-mir-214 CHEK2           smad4-m-c hsa-mir-766 SMAD4           e-cadherin-r-v hsa-mir-455 CDH1           notch3-r-c hsa-mir-155 NOTCH3           cd49b-m-v hsa-mir-150 ITGA2           er-alpha-r-v hsa-mir-1228 ESR1           claudin-7-r-v hsa-mir-134 CLDN7           b-raf-m-na hsa-mir-766 BRAF           notch3-r-c hsa-mir-452 NOTCH3           smac-m-v hsa-mir-1295 DIABLO           bim-r-v hsa-mir-455 BCL2L11           er-alpha-r-v hsa-mir-99b ESR1           e-cadherin-r-v hsa-mir-132 CDH1           c-myc-r-c hsa-mir-223 MYC           msh6-r-c hsa-mir-511-1 MSH6           claudin-7-r-v hsa-mir-483 CLDN7           er-alpha-r-v hsa-mir-486 ESR1           xrcc1-r-c hsa-mir-193a XRCC1           xrcc1-r-c hsa-mir-145 XRCC1           gab2-r-v hsa-mir-605 GAB2           claudin-7-r-v hsa-mir-377 CLDN7           eef2k-r-v hsa-mir-539 EEF2K           claudin-7-r-v hsa-mir-1295 CLDN7           er-alpha-r-v hsa-mir-1224 ESR1           p-cadherin-r-c hsa-mir-24-1 CDH3           rab25-r-c hsa-mir-766 RAB25           mek1-r-v hsa-mir-766 MAP2K1           bim-r-v hsa-mir-214 BCL2L11           claudin-7-r-v hsa-mir-1306 CLDN7           eef2-r-v hsa-mir-150 EEF2           msh6-r-c hsa-mir-511-2 MSH6           syk-m-v hsa-mir-212 SYK           syk-m-v hsa-mir-133a-1 SYK           smad4-m-c hsa-mir-511-1 SMAD4           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-339 IGF1R           er-alpha-r-v hsa-mir-329-1 ESR1           chk2-m-c hsa-mir-605 CHEK2           e-cadherin-r-v hsa-mir-433 CDH1           smac-m-v hsa-mir-766 DIABLO           chk2-m-c hsa-mir-766 CHEK2           xrcc1-r-c hsa-mir-452 XRCC1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-1249 CTNNA1           pr-r-v hsa-mir-224 PGR           notch3-r-c hsa-mir-224 NOTCH3           e-cadherin-r-v hsa-let-7e CDH1           syk-m-v hsa-mir-199a-1 SYK           alpha-catenin-m-v hsa-mir-1247 CTNNA1           claudin-7-r-v hsa-mir-99b CLDN7           xiap-r-c hsa-mir-223 KDR           bim-r-v hsa-mir-486 BCL2L11           caveolin-1-r-v hsa-mir-425 CAV1           yap-r-v hsa-mir-511-2 YAP1           claudin-7-r-v hsa-mir-539 CLDN7           foxo3a-r-c hsa-mir-22 FOXO3           dj-1-r-c hsa-mir-511-1 PARK7           xrcc1-r-c hsa-mir-142 XRCC1           e-cadherin-r-v hsa-mir-539 CDH1           igfbp2-r-v hsa-mir-1249 IGFBP2           igfbp2-r-v hsa-mir-142 IGFBP2           smad3-r-v hsa-mir-511-2 SMAD3           ku80-r-c hsa-mir-511-2 XRCC5           smad1-r-v hsa-mir-150 SMAD1           gab2-r-v hsa-mir-181a-2 GAB2           stat5-alpha-r-v hsa-mir-218-1 STAT5A           syk-m-v hsa-mir-381 SYK           eef2k-r-v hsa-mir-150 EEF2K           xrcc1-r-c hsa-let-7b XRCC1           foxo3a-r-c hsa-mir-486 FOXO3           pkc-alpha-m-v hsa-mir-223 PRKCA           xiap-r-c hsa-mir-1247 KDR           4e-bp1-r-v hsa-mir-1295 EIF4EBP1           yap-r-v hsa-mir-511-1 YAP1           ku80-r-c hsa-mir-1247 XRCC5           b-raf-m-na hsa-let-7b BRAF           xrcc1-r-c hsa-mir-146a XRCC1           notch3-r-c hsa-mir-616 NOTCH3           caveolin-1-r-v hsa-mir-182 CAV1           nf2-r-c hsa-mir-511-1 NF2           ar-r-v hsa-mir-511-2 AR           claudin-7-r-v hsa-mir-125a CLDN7           ku80-r-c hsa-mir-511-1 XRCC5           claudin-7-r-v hsa-mir-1249 CLDN7           n-cadherin-r-v hsa-mir-588 CDH2           mek1-r-v hsa-mir-1249 MAP2K1           yap-r-v hsa-mir-1247 YAP1           stat5-alpha-r-v hsa-mir-455 STAT5A           nf2-r-c hsa-mir-511-2 NF2           xrcc1-r-c hsa-mir-217 XRCC1           e-cadherin-r-v hsa-mir-370 CDH1           vasp-r-c hsa-mir-504 VASP           e-cadherin-r-v hsa-mir-541 CDH1           notch3-r-c hsa-mir-22 NOTCH3           bcl-xl-r-c hsa-mir-140 BCL2L1           her2-m-v hsa-mir-1247 ERBB2           gab2-r-v hsa-mir-377 GAB2           p53-r-v hsa-mir-766 TP53           er-alpha-r-v hsa-mir-154 ESR1           rad50-m-c hsa-mir-217 RAD50           er-alpha-r-v hsa-mir-1295 ESR1           msh6-r-c hsa-mir-139 MSH6           alpha-catenin-m-v hsa-mir-145 CTNNA1           e-cadherin-r-v hsa-mir-486 CDH1           p27-r-v hsa-mir-1254 CDKN1B           syk-m-v hsa-mir-370 SYK           pr-r-v hsa-mir-181a-1 PGR           e-cadherin-r-v hsa-mir-891a CDH1           er-alpha-r-v hsa-mir-181b-2 ESR1           dj-1-r-c hsa-mir-1295 PARK7           igf-1r-beta-r-c hsa-let-7i IGF1R           smac-m-v hsa-mir-214 DIABLO           claudin-7-r-v hsa-mir-133a-1 CLDN7           paxillin-r-v hsa-mir-1249 PXN           n-cadherin-r-v hsa-mir-140 CDH2           53bp1-r-c hsa-mir-145 TP53BP1           p-cadherin-r-c hsa-mir-23b CDH3           xrcc1-r-c hsa-mir-511-1 XRCC1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-1976 IGF1R           beta-catenin-r-v hsa-mir-212 CTNNB1           p27-r-v hsa-mir-541 CDKN1B           er-alpha-r-v hsa-mir-1306 ESR1           bcl-xl-r-c hsa-mir-145 BCL2L1           smac-m-v hsa-mir-145 DIABLO           irs1-r-v hsa-mir-24-1 IRS1           syk-m-v hsa-mir-199a-2 SYK           pr-r-v hsa-mir-766 PGR           pea-15-r-v hsa-mir-511-2 PEA15           syk-m-v hsa-mir-496 SYK           bak-r-c hsa-mir-766 BAK1           beta-catenin-r-v hsa-mir-605 CTNNB1           e-cadherin-r-v hsa-mir-574 CDH1           er-alpha-r-v hsa-mir-329-2 ESR1           foxo3a-r-c hsa-mir-212 FOXO3           eif4e-r-v hsa-mir-1249 EIF4E           p27-r-v hsa-mir-99b CDKN1B           igfbp2-r-v hsa-let-7f-1 IGFBP2           notch3-r-c hsa-mir-1266 NOTCH3           pea-15-r-v hsa-mir-511-1 PEA15           mek1-r-v hsa-mir-296 MAP2K1           dj-1-r-c hsa-mir-409 PARK7           caveolin-1-r-v hsa-mir-375 CAV1           53bp1-r-c hsa-mir-1228 TP53BP1           53bp1-r-c hsa-mir-24-1 TP53BP1           ku80-r-c hsa-mir-1228 XRCC5           er-alpha-r-v hsa-mir-212 ESR1           beta-catenin-r-v hsa-mir-217 CTNNB1           bcl-xl-r-c hsa-mir-212 BCL2L1           her2-m-v hsa-mir-217 ERBB2           53bp1-r-c hsa-mir-22 TP53BP1           p27-r-v hsa-mir-1307 CDKN1B           bcl-2-m-v hsa-mir-511-2 BCL2           notch3-r-c hsa-let-7i NOTCH3           igfbp2-r-v hsa-let-7b IGFBP2           notch3-r-c hsa-mir-511-1 NOTCH3           er-alpha-r-v hsa-mir-139 ESR1           lck-r-v hsa-mir-99b LCK           53bp1-r-c hsa-mir-224 TP53BP1           gab2-r-v hsa-mir-539 GAB2           syk-m-v hsa-mir-543 SYK           pten-r-v hsa-mir-766 PTEN           pea-15-r-v hsa-mir-1910 PEA15           xrcc1-r-c hsa-mir-224 XRCC1           cdk1-r-v hsa-mir-217 CDC2           caveolin-1-r-v hsa-mir-429 CAV1           nf2-r-c hsa-mir-150 NF2           gab2-r-v hsa-mir-455 GAB2           chk2-m-c hsa-mir-139 CHEK2           yap-r-v hsa-mir-1249 YAP1           4e-bp1-r-v hsa-mir-145 EIF4EBP1           gab2-r-v hsa-mir-541 GAB2           e-cadherin-r-v hsa-mir-1249 CDH1           mek1-r-v hsa-mir-504 MAP2K1           claudin-7-r-v hsa-mir-891a CLDN7           jnk2-r-c hsa-mir-150 MAPK9           cdk1-r-v hsa-mir-664 CDC2           gab2-r-v hsa-mir-1910 GAB2           caveolin-1-r-v hsa-mir-96 CAV1           setd2-r-na hsa-mir-223 SETD2           igfbp2-r-v hsa-mir-223 IGFBP2           4e-bp1-r-v hsa-mir-605 EIF4EBP1           msh6-r-c hsa-mir-217 MSH6           bcl-x-r-c hsa-mir-181a-1 BCL2L1           b-raf-m-na hsa-mir-1249 BRAF           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-24-1 IGF1R           e-cadherin-r-v hsa-mir-217 CDH1           igfbp2-r-v hsa-mir-101-2 IGFBP2           e-cadherin-r-v hsa-mir-431 CDH1           n-cadherin-r-v hsa-mir-193a CDH2           cdk1-r-v hsa-mir-511-2 CDC2           ku80-r-c hsa-mir-142 XRCC5           caveolin-1-r-v hsa-mir-210 CAV1           xrcc1-r-c hsa-mir-766 XRCC1           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-486 IGF1R           dj-1-r-c hsa-mir-22 PARK7           caveolin-1-r-v hsa-mir-141 CAV1           cdk1-r-v hsa-mir-29a CDC2           e-cadherin-r-v hsa-mir-342 CDH1           syk-m-v hsa-mir-1228 SYK           beta-catenin-r-v hsa-mir-133a-1 CTNNB1           nf2-r-c hsa-mir-129-2 NF2           msh6-r-c hsa-mir-377 MSH6           syk-m-v hsa-mir-584 SYK           her2-m-v hsa-mir-1249 ERBB2           chk2-m-c hsa-mir-133a-1 CHEK2           dvl3-r-v hsa-mir-766 DVL3           p27-r-v hsa-mir-486 CDKN1B           gab2-r-v hsa-mir-485 GAB2           xrcc1-r-c hsa-mir-365-2 XRCC1           smad3-r-v hsa-mir-223 SMAD3           e-cadherin-r-v hsa-mir-487b CDH1           notch3-r-c hsa-mir-365-1 NOTCH3           smac-m-v hsa-mir-1228 DIABLO           caspase-8-m-c hsa-mir-99b CASP8           irs1-r-v hsa-mir-223 IRS1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-212 CTNNA1           gab2-r-v hsa-mir-431 GAB2           cdk1-r-v hsa-mir-125a CDC2           jnk2-r-c hsa-mir-140 MAPK9           c-myc-r-c hsa-mir-217 MYC           mek1-r-v hsa-mir-24-1 MAP2K1           vegfr2-r-c hsa-mir-551a KDR           setd2-r-na hsa-mir-140 SETD2           rab25-r-c hsa-mir-217 RAB25           xrcc1-r-c hsa-mir-139 XRCC1           53bp1-r-c hsa-mir-214 TP53BP1           lck-r-v hsa-mir-605 LCK           gab2-r-v hsa-mir-487a GAB2           er-alpha-r-v hsa-mir-381 ESR1           ku80-r-c hsa-mir-146a XRCC5           53bp1-r-c hsa-mir-217 TP53BP1           smac-m-v hsa-mir-224 DIABLO           er-alpha-r-v hsa-mir-140 ESR1           msh6-r-c hsa-mir-574 MSH6           bcl-x-r-c hsa-mir-212 BCL2L1           n-cadherin-r-v hsa-mir-522 CDH2           rad51-m-c hsa-mir-217 RAD51           4e-bp1-r-v hsa-mir-193a EIF4EBP1           notch3-r-c hsa-mir-505 NOTCH3           igf-1r-beta-r-c hsa-mir-212 IGF1R           foxo3a-r-c hsa-mir-140 FOXO3           eef2k-r-v hsa-mir-223 EEF2K           her2-m-v hsa-mir-584 ERBB2           setd2-r-na hsa-mir-217 SETD2           p27-r-v hsa-mir-144 CDKN1B           Found by naïve model only akt-r-v hsa-mir-146b AKT1 AKT2 AKT3 1     chk1-r-v hsa-mir-511-1 CHEK1         1 alpha-catenin-m-v hsa-mir-140 CTNNA1         1 vasp-r-c hsa-mir-1276 VASP         1 paxillin-r-v hsa-mir-505 PXN         1 pten-r-v hsa-mir-511-2 PTEN         1 bcl-x-r-c hsa-mir-1276 BCL2L1         1 bim-r-v hsa-mir-132 BCL2L11           claudin-7-r-v hsa-mir-1258 CLDN7           aib1-m-v hsa-mir-511-2 NCOA3           p21-r-c hsa-mir-25 CDKN1A           aib1-m-v hsa-mir-511-1 NCOA3           rad50-m-c hsa-mir-132 RAD50           c-myc-r-c hsa-mir-541 MYC           tau-m-c hsa-mir-144 MAPT           ar-r-v hsa-mir-190 AR           c-raf-r-v hsa-mir-190 RAF1           alpha-catenin-m-v hsa-mir-217 CTNNA1           c-myc-r-c hsa-mir-140 MYC           rad51-m-c hsa-mir-140 RAD51           er-alpha-r-v hsa-mir-150 ESR1           lck-r-v hsa-mir-129-2 LCK           aib1-m-v hsa-mir-190 NCOA3           her2-m-v hsa-mir-139 ERBB2           vasp-r-c hsa-mir-184 VASP

Table 3: A list of miRNA/protein pairs suggested by the naïve model and the integrated model and they were classed into three groups: “Found by the integrated model only”, “Found by both the integrated model and the naïve model” and “Found by the naïve model only”. Pairs found by the integrated model were sorted by ascending order of adjusted p-values from the integrated model and the naïve model, respectively. Pairs found by the naïve model only were sorted by ascending order of adjusted p-values from the naïve model andintegrated model, respectively.In addition, a number “1” will mark under the column for pairs found by MirTarbase, MirTarBase with strong experimental evidences or miRanda, and those pairs will be list on the top of each group after pairs got ordered.