Table 1: Comparison of proteins identified using the extraction procedure with those identified in secretomic studies from different organisms.

Name B. anthracis (14) L. monocytogenes (20) S. aureus (17) C. albicans (95) C. albicans (28) S. cerevisiae (28) S. cerevisiae (29) S. cerevisiae (94) K. lactis (22) C. sinensis (36) B. malayi (16) S. japonicum (39) E. caproni (19) S. mansoni (18) ASMC (34) HepG2 (12) HNOSCC (9) Glioblastoma (11) A. Glycolysis/Gluconeogenesis                                     Pgi1p, Phosphoglucose isomerase               +       +             Fba1p, Fructose 1,6-bisphosphate aldolase   + + + + +   + +     + + + +   + + Tpi1p, Triose phosphate isomerase +   +     +   + + + + + +     + +   Tdh1p, Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase + +   + + + + +       + + + +   +   Tdh3p, Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase + +   + + + + +       + + + +   +   Pgk1p, 3-Phosphoglycerate kinase   + + + + + + + +     + + + + +   + Gpm1p, Tetrameric phosphoglycerate mutase + +   + + +   + +     +   + + +   + Eno1p, Enolase + + + + + + + + + + + + + + + + + + Eno2p, Enolase + + + + + + + + + + + + + + + + + + Cdc19p, Pyruvate kinase       + + + + +       +     +   + + Pck1p, Phosphoenolpyruvate carboxykinase                   +     + +         Mdh2p, Malate dehydrogenase cytosolic isozyme +     +                   +       + Icl1p, Isocitrate lyase +                                   B. TCA Cycle                                     Lpd1p, Dihydrolipoamide dehydrogenase   +               +                 Aco1p, Aconitase                                   + Idh1p,  Isocitrate dehydrogenase                                   + Idh2p,  Isocitrate dehydrogenase                                   + Idp1p, NADP-specific isocitrate dehydrogenase                                     Lsc1p, Alpha subunit of succinyl-CoA ligase                                     Sdh1p, Subunit of succinate dehydrogenase                                   + Sdh2p, subunit of succinate dehydrogenase         +                           Fum1p, Fumarase                                     Mdh1p, Mitochondrial malate dehydrogenase +     +               +           + C. Electron Transport                                     Cor1p, Subunit of the ubiquinol-cytochrome c reductase       +                             Qcr2p, Ubiquinol-cytochrome C reductase subunit 2       +                             Atp1p, Alpha subunit of mitochondrial F1F0 ATP synthase         +         +               + Atp2p, Beta subunit of mitochondrial F1F0 ATP synthase       +           +       + +     + Atp14p, Subunit of ATP synthase     +                               D. Pentose Phosphate Pathway                                     Tkl1p, Transketolase         +     +       +   +         E. Purine/Pyrimidine Metabolism                                     Adk1p, Adenylate kinase               +                   + Rnr4p, Ribonucleotide-diphosphate reductase             +                       Ura1p, Dihydroorotate dehydrogenase                                     F. Fermentation                                     Pdc1p, Pyruvate decarboxylase       + + + + +                     Adh1p, Alcohol dehydrogenase I       + + + + +                   + Adh2p, Alcohol dehydrogenase II         + +                       + Adh3p, Mitochondria alcohol dehydrogenase isozyme III                                   + Ald4p, Mitochondria aldehyde dehydrogenase                   +   + +         + G. Metabolism                                     Ach1p, CoA transferase                                     Etr1p, 2-Enoyl thioester reductase                                     Rhr2p, DL-glycerol-3-phosphatase       +                             Sec14p, PtdIns/PtdCho transfer protein                                     H. Amino Acid Metabolism                                     Aro8p, Aromatic aminotransferase I                                     Met17p, Methionine and cysteine synthase + +                                 Met6p, Methionine Synthase       +       +                     Mmf1p, Mitochondrial transamination of isoleucine                                     I. Heat Shock Proteins                                     Hsp12p, 12KD heat shock protein                 +                   Hsp26p, Small heat shock protein (sHSP)                                     Hsp60p, Tetradecameric mitochondrial chaperonin       +                 +   +       Ssa1p, HSP70 family   +     + + + + +   + +   + +     + Ssa2p, HSP70 family   +     + + + + +   + +   + +     + Ssa4p, HSP70 family   +     + + + + +   + +   + +     + Ssb1p, Member of HSP70 family     + + + + + + +                 + Ssb2p, Member of HSP70 family     + + + + + + +                 + Hsc82p, Hsp90 family (nearly identical to Hsp82)         +   + +         +       + + Sba1p, Co-chaperone that regulates Hsp90 family               +                     Sse1p, Co-chaperone that regulates Hsp90 family       +     + +                     Hsp104p, Heat shock protein, HSP100 gene family                                     Sis1p, Type II HSP40 co-chaperone, DnaJ family               +                   + Sti1p, Hsp90 co-chaperone                                     Mge1p, Mitochondrial matrix co-chaperone                                     J. Protein Folding                                     Cpr1p, Cytoplasmic cyclophilin                 +     +       + + + Cpr3p, Mitochondrial cyclophilin                                   + Fpr1p, FK506-binding protein proline rotamase                               +     K. Oxidation Response                                     Ahp1p, Thiol-specific peroxiredoxin     +     +   +           +   +   + Ctt1p, Cytosolic catalase T                                     Oye2p, Conserved NADPH oxidoreductase               +                     Prx1p, Mitochondrial peroxiredoxin       +                     +       Sod1p,  Superoxide dismutase   + +       + +     + +       +   + Sod2p,  Superoxide dismutase   + +       + +     + +       +   + Tsa1p, Thioredoxin peroxidase       + +     +     + +   +   + +   L. Transcription                                     Wtm1p, Transcriptional modulator                                     M. Translation                                     Rps31p, Ribosomal Protein of the Small subunit 40S                 +                   Rpl25p, Large (60S) ribosomal subunit                                     Tif2p, Translation initiation factor             +                       Efb1p, Elongation factor   +   +                     +     + Eft2p, Translation elongation factor 2 (EF-2)   +                         +   + + Tef2p, Translational elongation factor EF-1 alpha   +     +     +       +   + +       N. Cytoskeleton                                     Act1p, Actin, structural protein       +     + +   +   + + + + + + + O. Other                                     Asc1p, G-protein beta subunit       +       +                   + Bmh1p, 14-3-3 gene family         + + + +     + + + + +   + + Bmh2p, 14-3-3 gene family         + + + +     + + + + +   + + Cdc48p, ATPase         +                         + Dug1p, Cys-Gly metallo-di-peptidase                                   + Inh1p, ATPase Inhibitor                                   + Pet9p, ADP/ATP carrier, mitochondrial membrane                                     Ptr3p, Plasma membrane amino acid sensor system                                     Shs1p, Seventh Homolog of Septin                                   + Tfp1p, Vacuolar Membrane ATPase       +                     +       Uba1p, Ubiquitin activating enzyme                                     Ynk1p, Nucleoside diphosphate kinase +     +                             Gre1p, Hydrophilin of unknown function                                     Om45p, Mitochondrial outer membrane protein                                     Ypr127wp, Putative pyridoxal reductase

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